雖然有數百種不同的翻譯后修飾，但許多修飾不能用特異的放射活性前體進行研究。因為從商業角度考慮，并不總是能得到正確的前體。前體亦不能被細胞攝取，或細胞內池不夠大，不能得到具有高特異性的活性分辨基團等。然而，仍有很多修飾過程可用此法研究。

    通過免疫沉淀／免疫印跡檢測*磷酸化

    蛋白質在*殘基上的磷酸化能通過抗磷酸*的抗體來檢測。直接從未標記的細胞中通過免疫沉淀抗原可以檢測其*磷酸化，通過SDS-PAGE將免疫沉淀的蛋白質分離，使用常規的免疫印跡法轉移到硝酸纖維素膜上。使用磷酸化*的特異性抗體進行免疫印跡。

    糖基化

    在研究蛋白質的糖基化時，使用特異性抗體通過免疫沉淀相應的抗原是極為有用的方法。當蛋白質在SDS-PAGE中遷移時，首先要注意的就是糖基化。免疫沉淀下來的蛋白質如果被糖基化，則計算出的分子質量就比預計的大30％～50％，而且條帶會變寬。糖基化對細胞有多種作用，但主要是作為蛋白質轉運的特殊步驟中的標記蛋白，蛋白質的結構改變可導致其活性改變。或提供細胞外的結合區，從而對細胞內的信號傳導及組織發育發揮作用。

    按照與多肽連接的不同可將糖基化分為兩種形式。N端糖基化通常將一個糖基，幾乎都是N—乙酰半乳糖胺，與天冬酰胺的氨基基團相連，O端糖基化可將多種糖與*的羥基相連。蛋白質很少被單個糖基修飾。糖基化難以研究的原因在于糖鏈上有許多不同的糖基，多糖骨架中糖基的順序也不同，而且側鏈的延伸與分支存在多樣性。

    研究蛋白質的糖基化有兩種常用的方法：①以放射性單糖標記細胞，使其被攝取后加在糖骨架上；②以特異性的化學試劑或酶裂解成分處理純化的多肽，去除部分或全部的糖基。特異性抗體有助于兩種過程的實施。在標記的單糖發揮作用之后，將蛋白質沉淀并通過SDS-PAGE分離，然后檢測其放射活性。摻有[³²S]標記的蛋氨酸或其他氨基酸的蛋白質可進行免疫沉淀，然后以化學的或酶裂解成分處理或不加處理，通過SDS-PAGE分離后檢測活性的改變。活細胞用[³H]半乳糖或[³H]甘露糖進行放射標記，標記時間應較短，不超過1h，因為多糖可很快參與多種不同的生物合成途徑，含糖復合物以外的其他大分子中也可標記。斷裂也是問題，因為沒有簡單的方法可破壞所有的糖基化或全部的N端糖基化或O端糖基化。多肽—N糖基酶F常被用來裂解N端糖基，它可以斷裂大部分的N端糖基。其他常用的酶包括內源性糖苷酶H和內源性糖苷酶F。盡管從技術上講化學裂解較為復雜，但許多研究者認為一旦在實驗室建立該方法，便更可靠有效。zui常用的化學裂解物是無水氟甲噻嗪。如需獲得上述問題更詳細的資料，讀者可參閱Vavki（1994）的放射標記法和細胞生物學新進展。

    烯化

    已知細胞中0．1％一0．5％的蛋白質可加上類異戊二烯進行修飾。用作蛋白質修飾的類異戊二烯有farnesyl和geranylgeranyl基團。這些疏水性成分常用來將蛋白質錨著在脂質膜上。常修飾的是羧基端的半*殘基，通過巰基酯相連。

    采用[³H]代謝標記類異戊二烯的前體物甲羥戊酸（mevalonate）可檢測烯化，有4種不同的標記方法可供選擇。早期實驗采用在相對低水平的結合培養基中加入高水平[3H]—甲羥戊酸（>500uCi／m1）。阻斷甲羥戊酸的內源性合成有助于其摻入。在細胞內HMGCoA在HMGCoA還原酶的作用下，生成甲羥戊酸。在代謝標記實驗中，抑制HMGCoA還原酶，可減慢此合成反應，增加[3H]—甲羥戊酸摻入到farnesyl和geranylgeranyl基團的前體物中的量。HMGCoA還原酶的特異性藥物（mevinnolin）使此步得以實施。第三種變化是增加甲羥戊酸的轉運率，甲羥戊酸的轉運體zui近已被克隆，并且可轉入待檢測的細胞中。此外，少數細胞系具有選擇性高水平轉運能力，  目的基因可轉染這些細胞來研究烯化作用。

    硫酸化

    許多細胞外蛋白可通過加入硫酸后被修飾，zui有特點的是葡萄糖氨基酸多糖（glycosaminoglycans），如肝素硫蛋白多糖和粒素（granins）。將生長的細胞置于含有[³⁵S]標記的硫酸，而不含未標記硫酸鹽（MgCl₂取代MgS0₄）的少量培養基中，可以檢測硫酸化過程。如果需要加入血清，用透析和雙重濾過除菌的樣本去除培養基中的硫酸。放射性標記硫酸鹽的終濃度應接近0．5uCi／m1。標記時間應該比肽鏈延長的時間稍短。對于仍處于分泌途徑中的蛋白質，標記時間不應超過5min，對已分泌的蛋白質和胞外的基質蛋白，通常要孵育標記30～60min。

分泌蛋白可直接從培養基中通過免疫沉淀進行標記，胞內蛋白在洗滌細胞和用裂解緩沖液處理后可釋放出來，然后采用常規的標記方法進行免疫沉淀。通過放射自顯影或磷光成像儀檢測SDS-PAGE上硫標記的蛋白質。