甲酰胺嘧啶-DNA糖基化酶(Fpg)

 Fpg (formamidopyrimidine [fapy]-DNAglycosylase，甲酰胺嘧啶 [fapy]-DNA 糖基化酶）也稱作8-氧代niao嘌呤 DNA 糖基化酶，既有 N-端糖基化酶活性也有 AP-裂解酶活性。N-端糖基化酶活性可以切下雙鏈DNA 上受損的嘌呤堿基，產生一個脫嘌呤（AP）位點。
AP-裂解酶活性可以切割 AP 位點的 3′ 或 5′ 端，因此可以除去 AP 位點，產生一個具有 3′ 和 5′ 磷酸的堿基缺口。被 Fpg 識別并切除的受損堿基包括：7,8-二羥基-8-氧代niao嘌呤（8-氧代niao嘌呤）、8-羥基腺嘌呤、fapyniao嘌呤、甲基-fapy-niao嘌呤、fapy-腺嘌呤、黃曲霉毒素B1-fapy-niao嘌呤、5-羥基-胞嘧啶和 5-羥基niao嘧啶。
活性定義：1 單位指在 10 μl 反應體系中，37℃條件下，1 小時內能夠切割 1 pmol 含單個與胞嘧啶配對的 8-氧代niao嘌呤的 34 bp 寡核苷酸雙鏈所需要的酶量定義為一個活性單位。
熱失活：60°C，10min。
反應條件：10 mM Bis-Tris（pH 7.0），10 mM MgCl2 ，1mMDTT, 100 μg/ml BSA，37℃ 溫育。
酶儲存液：50 mM Tris-HCl, 50 mM KCl, 1 mM DTT, 0.1mM EDTA, 50% Glycerol, pH 7.5。
儲存：置于-20°C 可保存 2 年，避免反復凍融。

一、模板DNA：PCR反應需要模板DNA，如從細胞、組織、血液中提取DNA等；

二、引物：PCR反應的兩個引物，分別與模板DNA的兩端配對擴增所需的特定區域，引物也可以合成為TA克隆等過程中使用到的引物；

三、dNTPs：PCR反應中需要四種dNTPs，包括脫氧腺苷酸（dATP）、脫氧胸苷酸（dCTP）、脫氧鳥苷酸（dGTP）、脫氧胞嘧啶酸（dTTP），用于細胞分裂、DNA合成         等生物學過程，用于PCR擴增的模板DNA鏈的延伸和擴增；

四、Taq DNA聚合酶：PCR反應需要的聚合酶，一般使用Taq聚合酶，還有一些其他種類的聚合酶如PFU、Phusion等，用于擴增DNA鏈；

五、PCR buffer溶液：對PCR反應具有緩沖作用，調節反應pH，硫代硫酸氫鹽SDS、小分子有機化合物如甲醛，可增強PCR反應特異性，從而提高反應效率；

六、酶切體系：PCR擴增往往涉及到重組、構建和測序等等實驗步驟，常常需要進行酶切操作。

七、MARK:一種分子量標準，用來判別DNA片段大小的工具。

八、DNA純化試劑盒：用于純化PCR反應產物；

①Oligo dT
選擇Oligo dT時，要求RNA必須有Poly A，所以真核生物的mRNA都適用。適合長鏈甚至全長mRNA的RT，對RNA樣品的質量要求較高，不要有明顯的DNA污染、RNA降解和RNA斷裂。假如想探索新的mRNA進行RT反應，建議推薦使用Oligo dT引物。使用Oligo dT引物要比隨機引物和特異性引物的穩定性要好。
②隨機引物
適合各種RNA的RT，尤其適合模板豐度很低的情況（比如某個gene表達量很低）。選擇隨機引物時，第鏈cDNA合成反應中就是以所有的RNA為模板，然后進行PCR反應時設計引物進行特異性擴增。同時要注意隨機引物的量和總RNA量之間的關系，一般建議每5µg總RNA的隨機引物的用量為50ng，如果每5µg總RNA的隨機引物的用量超過250ng，可能會導致小片段產物（＜500bp）的增加和長片段、全長產物的降低。
③特異性引物
基因特異性引物（GSP）是某個基因序列的一部分，與模板互補的引物。該引物需要結合目標RNA的已知序列進行設計。由于引物和RNA序列特異性結合，每個目標RNA都需要一套新的基因特異性引物。因此，當分析多種目標時，則需要適用更多的RNA樣本。而且不同引物退火溫度本來就不相同，所以一般不推薦使用。如需要使用特異性引物，建議對退火溫度進行優化。