用于熒光定量PCR儀的化學染料有多種，包括SYBR Green I、分子 Beacons、水解探針（TaqMan 探針）、ScorpionsTM 探針和AmplifluorTM系統。也可完成實時量化和DNA解鏈曲線。

　　SYBR Green I

　　SYBR Green I是一種結合于小溝中的雙鏈DNA結合染料。與雙鏈DNA結合后，其熒光大大增強。這一性質使其用于擴增產物的檢測非常理想。SYBR Green I的zui大吸收波長約為497nm，發射波長zui大約為520nm。

　　SYBR Green I在核酸的實時檢測方面有很多優點，由于它與所有的雙鏈DNA相結合，不必因為模板不同而特別定制，因此設計的程序通用性好，且價格相對較低。此外，由于一個PCR產物可以與多分子的染料結合，因此SYBR Green I的靈敏度很高。但是，由于SYBR Green I與所有的雙鏈DNA相結合，因此由引物二聚體、單鏈二級結構以及錯誤的擴增產物引起的假陽性會影響定量的性。通過測量升高溫度后熒光的變化可以幫助降低非特異產物的影響1。由解鏈曲線來分析產物的均一性有助于分析由SYBR Green I得到定量結果。

　　分子 Beacons

　　分子 Beacons是一種在靶DNA不存在時形成莖環結構的雙標記寡核苷酸探針。在此發夾結構中，位于分子一端的熒光基團與分子另一端的淬滅基團緊緊靠近。在此結構中，熒光基團被激發后不是產生光子，而是將能量傳遞給淬滅劑，這一過程稱為熒光諧振能量傳遞（FRET）。由于”黑色” 淬滅劑，由熒光基團產生的能量以紅外而不是可見光形式釋放出來。如果第二個熒光基團是淬滅劑，其釋放能量的波長與熒光基團的性質有關。 （生物秀實驗頻道 ）

　　分子Beacons的莖環結構中，環一般為15-30個核苷酸長，并與目標序列互補；莖一般5-7個核苷酸長，并相互配對形成莖的結構。熒光基團連接在莖臂的一端，而淬滅劑由連接于另一端。分子Beacons必須非常仔細的設計，以致于在復性溫度下，模板不存在時形成莖環結構，模板存在時則與模板配對。與模板配對后，分子Beacons的構象改變使得熒光基團與淬滅劑分開。當熒光基團被激發時，它發出自身波長的光子。

　　分子Beacons不同于SYBR Green的一個優點就是它特異性地檢測感興趣的目標DNA。通過精心設計分子Beacons和優化反應條件（溫度和緩沖液）后，其靈敏度非常高，可用于單核苷酸多態性（SNPs）的檢測。但是，為檢測某一特定的目標DNA，每一個探針都必須單獨地仔細地設計。

　　分子Beacons是美國紐約公共健康研究學會的技術。

　　水解探針（TaqMan 探針）

　　TaqMan探針是多人擁有的技術。TaqMan探針是一種寡核苷酸探針，它的熒光與目的序列的擴增相關。它設計為與目標序列上游引物和下游引物之間的序列配對。熒光基團連接在探針的5’末端，而淬滅劑則在3’末端。

　　當完整的探針與目標序列配對時，熒光基團發射的熒光因與3’端的淬滅劑接近而被淬滅。但在進行延伸反應時，聚合酶的5’外切酶活性將探針進行酶切，使得熒光基團與淬滅劑分離。TaqMan探針適合于各種耐熱的聚合酶，如DyNAzymeTM II DNA聚合酶（MJ Research公司有售）。隨著擴增循環數的增加，釋放出來的熒光基團不斷積累。因此熒光強度與擴增產物的數量呈正比關系。

　　ScorpionsTM 探針

　　ScorpionsTM 探針包括一個擴增引物和一個目標特異性探針，探針部分通過堿基互補形成莖環結構，使得熒光基團與淬滅劑靠近。（生物秀實驗頻道 ）

　　在擴增過程中，目標序列的延伸通過ScorpionsTM 探針的引物部分來完成。在變性后降溫過程中，通過單分子重組，ScorpionsTM 探針的探針部分與擴增產物結合，互補的莖環結構被破壞，使得熒光基團與淬滅劑分離。由于ScorpionsTM 探針是擴增產物的一部分。因此熒光強度與擴增的目標序列數量直接相關。

　　AmplifluorTM 通用檢測系統

　　Amplifluor系統使用一個通用的引物，只有在引物進入到擴增產物中之后才能發出熒光信號。此引物包含一個18堿基的序列（”Z 序列”），”Z 序列”互補形成發夾結構，在發夾結構上標有熒光基團與淬滅劑。首先，目標序列通過特異性引物進行擴增，其中一個引物的5’端加上了Z序列。在隨后的擴增循環中，通用引物與Z序列配對并進行擴增，從而進行擴增產物中。在此過程中，發夾結構的打開，使得熒光基團與淬滅劑分離，因此發射的熒光信號的強度與擴增產物的數量成正比。