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催化核酸中磷酸二酯鍵的水解的酶統稱為核酸酶。細胞內存在著多種不同的核酸酶。根據酶作用的部位，核酸酶可以分為外切核酸酶和內切核酸酶。外切核酸酶水解磷酸二酯鍵后從多核苷酸鏈的末端釋放核苷酸殘基;而內切酶可以在多核苷酸鏈內的不同位置水解磷酸二酯鍵。表列出了一些常用的來自不同生物的核酸酶以及它們作用的底物和生成的產物。
底物 產物
核酸外切酶（3ˊ-5ˊ）（Exonucleases）
核酸外切酶 I（E.coli） 單鏈DNA 核苷5ˊ-磷酸
DNA 聚合 I（E.coli） 單鏈DNA 核苷5ˊ-磷酸
核酸外切酶 III（E.coli） 單鏈DNA 核苷5ˊ-磷酸
枯草芽孢桿菌核酸外切酶 雙鏈DNA，RNA 核苷3ˊ-磷酸，寡核苷酸
核酸外切酶（5ˊ-3ˊ）（Exonucleases）
枯草芽孢桿菌核酸外切酶 單鏈DNA 核苷3ˊ-磷酸（也可從3ˊ端切）
核酸外切酶 VII（E.coli） 單鏈DNA 寡核苷酸（也可從3ˊ端切）
粗糙脈孢菌核酸外切酶 單鏈DNA，RNA 核苷5ˊ-磷酸
核酸外切酶VI
或DNA 聚合 I（E.coli） 雙鏈DNA 核苷5ˊ-磷酸
內切酶（Endonucleases）
粗糙脈孢菌內切酶 單鏈DNA，RNA 帶有5ˊ-磷酸末端的多核苷酸
內切酶 I（E.coli） 單或雙鏈DNA 帶有5ˊ-磷酸末端的多核苷酸
DNA酶 I (牛胰腺) 單或雙鏈DNA 帶有5ˊ-磷酸末端的多核苷酸
DNA酶 II (小牛胸腺) 單或雙鏈DNA 帶有3ˊ-磷酸末端的多核苷酸
RNA酶 A (牛胰腺) RNA 帶有3ˊ-磷酸末端的多核苷酸
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