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1,準(zhǔn)備以下混合物:
(A)加1.8ul的10um siRNA到20ul 的siRNA轉(zhuǎn)染培養(yǎng)基中,輕柔混合,在室溫放置5分鐘 注意:如果需要低濃度的siRNA,用siRNA稀釋緩沖液稀釋
(B) 加1.2ul siRNA轉(zhuǎn)染試劑到20ul siRNA轉(zhuǎn)染培養(yǎng)基中,輕柔混合,室溫放置5分鐘。注意:雖然,對多種的細(xì)胞系有很高的轉(zhuǎn)染效率,但siRAN轉(zhuǎn)染試劑并不是對所有細(xì)胞都適合。
2,5分鐘后,混合A和B,形成siRNA-siRNA轉(zhuǎn)染試劑復(fù)合物,輕柔混合,室溫孵育20分鐘。
3,孵育后,加160ul siRNA轉(zhuǎn)染培養(yǎng)基到每個(gè)含有siRNA-siRNA轉(zhuǎn)染試劑復(fù)合物的管中,輕柔混合
從這一步起,對懸浮細(xì)胞和貼壁細(xì)胞的處理方法相同
4,轉(zhuǎn)染前,吸棄培養(yǎng)基,用0.3ml無菌siRNA轉(zhuǎn)染培養(yǎng)基洗細(xì)胞一次,去除培養(yǎng)基。
5,在洗過的細(xì)胞上,鋪稀釋的siRNA-siRNA轉(zhuǎn)染試劑混合物,37度,5-7小時(shí)
6,孵育后,向含有轉(zhuǎn)染細(xì)胞的每個(gè)孔中加200ul 生長培養(yǎng)基,其中的血清和抗生素濃度是正常濃度的兩倍,無需去除轉(zhuǎn)染混合物。如果,毒性是個(gè)問題的話,去除轉(zhuǎn)染混合物,以正常生長培養(yǎng)基代替。再孵育18-24小時(shí)
7,孵育結(jié)束后,用新鮮正常生長培養(yǎng)基替換,繼續(xù)孵育24-72小時(shí)
8,使用恰當(dāng)?shù)牟僮鞑襟E檢測細(xì)胞,參見免疫熒光染色步驟
染色質(zhì)免疫沉淀間隙連接蛋白45抗體說明書,CX45抗體價(jià)格
注意:CHIP的實(shí)驗(yàn)步驟可以有很多不同版本,下面介紹的步驟適合大多數(shù)的實(shí)驗(yàn)
常溫下,用PBS洗細(xì)胞,重懸細(xì)胞,使細(xì)胞數(shù)大約5*105個(gè)/ml(總細(xì)胞數(shù)2*107)。,
加甲醛,使終濃度為1%,室溫孵育10分鐘。
加*至終濃度
2000rpm,5分鐘,離心細(xì)胞。用冷的PBS洗細(xì)胞一次
用6ml的裂解緩沖液重懸細(xì)胞,輕柔混合,2000rpm離心5分鐘,收集粗提的核提取物。
再用PBS洗沉淀,沉淀可以凍存,或繼續(xù)以下步驟。
用1.9ml的高鹽裂解緩沖液重懸沉淀,轉(zhuǎn)移到2ml的離心管中準(zhǔn)備超聲
超聲條件需要優(yōu)化,下面介紹的條件是在使用Sonics VC130和
在冰上操作,輸出功率設(shè)置5(R)6,每隔30秒超聲一次,共4次。
4°C,10,000rpm 離心15分鐘,保存上清,確定上清中蛋白的濃度。
如果免疫沉淀,我們推薦100—500ug蛋白和0.1—1ul的TransCruz試劑(0.2—2ug)
注意:研究者可能希望使用連接有葡聚糖或磁珠的一抗,以便于選擇后續(xù)免疫沉淀的試劑。有些情況下,將針對同一種蛋白不同表位的抗體聯(lián)合使用會(huì)更好。
向染色質(zhì)溶液加50ul Protein A/G-瓊脂糖,4度,孵育30分鐘,使其澄清,zui大速度,4度離心5分鐘。
向上清中加一抗,4度孵育過夜。
加50ul Protein A/G –瓊脂糖,4度孵育2小時(shí)。
12,000rpm離心20秒收獲磁珠,并將管放在冰上
用1ml裂解緩沖液洗磁珠2次
用沖洗緩沖液洗磁珠四次
重懸磁珠在400ul洗脫緩沖液中
通過在67度水浴中孵育管子2小時(shí)以上,使反向交叉連接
離心去除磁珠,繼續(xù)在67度水浴孵育上清過夜 Remove
10,000rpm離心3分鐘去除殘留的珠子,保留上清
分離DNA,用500ul 酚/氯仿/異戊醇(25:24:1)抽提上清,劇烈振蕩,14,000rpm離心3分鐘分離兩相。
保留水相,用100ul
用600ul 氯仿/異戊醇抽提匯集的水相
DNA可以用商業(yè)化的試劑盒濃縮。
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