外泌體的形狀是杯狀或茶托形，可以通過電鏡觀察形態進行初步確定，外泌體的粒徑大小在30-120nm左右，通過NTA可以檢測到粒徑大小，外泌體本身具有一些特殊的標志蛋白，通過WB可以檢測出來。
目前鑒定外泌體主要包括三方面實驗，但是三方面實驗在鑒定外泌體的存在、數量和完整性上分別存在一些缺陷。
電鏡
可以直觀的看到粒子的形態，因此可以用于鑒定外泌體的存在和完整性，但是包括支原體、鐵蛋白聚團、聚乙二醇蛋白聚團、溶酶體等的電鏡圖片與外泌體都十分相似，并且電鏡只能展示局部景象。因此，電鏡成像無法區分外泌體及形態相近的納米粒子，且不能反映樣品中的外泌體數量。
NTA
是一種測算粒子群體直徑分布和粒子數量的計算方法，它通過光學原理感知粒子的存在，因此可以確認外泌體樣品中的“外泌體”數量和直徑的群體特征，但是無法確認檢測到的粒子是否為外泌體，不能反映粒子形態，無法將外泌體和其他納米粒子區分開。因此NTA不能確認外泌體的真實存在和外泌體的完整性。
WB
可以鑒定外泌體中存在的特定蛋白，WB檢測外泌體標志蛋白可以說明外泌體成分的存在。但是目前的這些標志物蛋白只是會在外泌體里富集，而并不是外泌體所有的，諸如CD63、ALIX等在細胞中都有，在一些細胞碎片、溶酶體、胞內體中也大量存在。因此，WB僅能證實外泌體成分的存在，無法確認外泌體的數量和完整性。
因此，通過三個實驗的相互佐證來確認外泌體的存在、數量和完整性。當且僅當三個實驗結果都正常(即電鏡看到經典結構，WB檢測到外泌體標志物的富集，NTA測算直徑分布符合外泌體定義)，才能確認研究者成功的分離純化了外泌體，基于這一成功的分離方法所得到的后續研究結果才能認為是外泌體相關的研究結果。其實，好的鑒定方法應當是免疫電鏡結合NTA，但是免疫電鏡的難度過高，因此最終形成了電鏡、NTA和WB三個實驗鑒定外泌體的主流共識。
