Benzonase 核酸酶

是來自經基因工程改進的核酸內切酶。它能降解所有形式(包括單鏈，雙鏈，線性和環狀)的 DNA 和 RNA 而沒有蛋白裂解活性，在廣泛條件范圍具有很高的特異性。它將核酸消化成3-5 堿基長度（雜交限度以下）的 5’-單磷酸寡核苷酸，從重級蛋白中去除核酸的操作，符合 FDA 關于核酸污染的處理規程。Benzonase 核酸酶迅速水解核酸的能力使該酶成為降低粘度以減少處理時間和增加蛋白產量的選擇。該酶與BacReady-Protein Extraction Solution和RIPA LysisBuffer 等蛋白抽提試劑配合使用，從而消除粗提物中的核酸，降低粘度。

單位定義：在 30 分鐘內使△A260 值降低 1.0(相當于消化 37 μg DNA )的酶量定義為一個活性單位。
應用
蛋白提取時去除核酸污染
2D 凝膠電泳
Western Blot
IP- Western
儲存：置于-20°C 保存。
操作方法
1. 組織處理方法：將 30-50mg 動植物組織研磨充分后，加入 100-200 μl RIPA 裂解液，同時加入 1 μlBenzonase 核酸酶，旋渦振蕩混合均勻，室溫孵育 30min。
2.細胞處理方法：將 106-107懸浮細胞液 6,000 rpm 離心10min 后，棄掉上清液，使用 100 μl RIPA 裂解液重懸細胞，同時加入 1μl Benzonase 核酸酶，旋渦振蕩混合均勻，室溫孵育 30min。注意：貼壁細胞重懸于 PBS 后，處理方法同懸浮細胞。
3. 大腸桿菌細胞處理：將 500 μl E.coli 培養液 8,000rpm 離心 5min 后，棄掉上清液，使用 100 μl 大腸桿菌裂解液重懸細胞，同時加入 1μl Benzonase 核酸酶，旋渦振蕩混合均勻，室溫孵育 30min。
4. 裂解步驟完成后，將裂解產物于 13,000 rpm 離心 10min后，取上清即為提取蛋白（包涵體蛋白留取沉淀為提取蛋白）。
5. 提取完蛋白后可利用 BCA 蛋白定量試劑盒測定蛋白濃度。

一、模板DNA：PCR反應需要模板DNA，如從細胞、組織、血液中提取DNA等；

二、引物：PCR反應的兩個引物，分別與模板DNA的兩端配對擴增所需的特定區域，引物也可以合成為TA克隆等過程中使用到的引物；

三、dNTPs：PCR反應中需要四種dNTPs，包括脫氧腺苷酸（dATP）、脫氧胸苷酸（dCTP）、脫氧鳥苷酸（dGTP）、脫氧胞嘧啶酸（dTTP），用于細胞分裂、DNA合成         等生物學過程，用于PCR擴增的模板DNA鏈的延伸和擴增；

四、Taq DNA聚合酶：PCR反應需要的聚合酶，一般使用Taq聚合酶，還有一些其他種類的聚合酶如PFU、Phusion等，用于擴增DNA鏈；

五、PCR buffer溶液：對PCR反應具有緩沖作用，調節反應pH，硫代硫酸氫鹽SDS、小分子有機化合物如甲醛，可增強PCR反應特異性，從而提高反應效率；

六、酶切體系：PCR擴增往往涉及到重組、構建和測序等等實驗步驟，常常需要進行酶切操作。

七、MARK:一種分子量標準，用來判別DNA片段大小的工具。

八、DNA純化試劑盒：用于純化PCR反應產物；

①Oligo dT
選擇Oligo dT時，要求RNA必須有Poly A，所以真核生物的mRNA都適用。適合長鏈甚至全長mRNA的RT，對RNA樣品的質量要求較高，不要有明顯的DNA污染、RNA降解和RNA斷裂。假如想探索新的mRNA進行RT反應，建議推薦使用Oligo dT引物。使用Oligo dT引物要比隨機引物和特異性引物的穩定性要好。
②隨機引物
適合各種RNA的RT，尤其適合模板豐度很低的情況（比如某個gene表達量很低）。選擇隨機引物時，鏈cDNA合成反應中就是以所有的RNA為模板，然后進行PCR反應時設計引物進行特異性擴增。同時要注意隨機引物的量和總RNA量之間的關系，一般建議每5µg總RNA的隨機引物的用量為50ng，如果每5µg總RNA的隨機引物的用量超過250ng，可能會導致小片段產物（＜500bp）的增加和長片段、全長產物的降低。
③特異性引物
基因特異性引物（GSP）是某個基因序列的一部分，與模板互補的引物。該引物需要結合目標RNA的已知序列進行設計。由于引物和RNA序列特異性結合，每個目標RNA都需要一套新的基因特異性引物。因此，當分析多種目標時，則需要適用更多的RNA樣本。而且不同引物退火溫度本來就不相同，所以一般不推薦使用。如需要使用特異性引物，建議對退火溫度進行優化。