目前國內城市污水處理廠普遍采用紫外線消毒方式對污水處理廠的出水進行消毒。但從實際運營上發現紫外線消毒存在以下問題：
（1）紫外線消毒系統無后續殺毒能力。當處理水離開反應器之后，一些被紫外線殺傷的微生物在光復活機制下會修復損傷的DNA分子，使細菌再生。
（2）紫外燈石英套管污染。當污水流經UV消毒器時，其中有許多無機雜質會沉淀、粘附在套管外壁上。尤其當污水中有機物含量較高時更容易形成污垢膜，而且微生物容易生長形成生物膜，這些都會抑制紫外線的透射，影響消毒效果。
為此，選擇污水處理紫外消毒設備時應注意的問題主要有：
（1）燈管的選擇
燈管的選擇應注意兩個方面：一是單支燈管的UVC輸出強度，該值越高則所需要的燈管數量越少，投資和運行維護費用也就越低。一般說來，高強度汞燈的輸出強度高，優于低強度汞燈。二是UVC電光轉換效率，它包括燈管消耗的電能轉換為光能的效率和光能中253.7nm波長（UVC）部分所占的比例。低壓汞燈的紫外輸出主要集中在253.7nm，而中壓汞燈的紫外輸出主要集中在366nm，且中壓汞燈的發熱量很大，因此低壓高強度汞燈的電光轉換效率高于中壓高強度汞燈。
（2）傳感器及實時調節系統的選擇
污水處理廠的水量、水質波動較大，因此進行UVC輸出強度的實時調節對節約電耗和延長燈管壽命意義重大，這主要通過燈管的可變輸出和傳感器的真實反饋來實現。就傳感器進行真實反饋而言，其位置和波長的選擇性極為重要,能真實反映微生物實際接受的UVC照射強度的傳感器應是放置在水中的（與微生物處于同一位置），并且只監測253.7nm波長強度。
（3）自動清洗系統的選擇
污水處理廠紫外消毒系統的清洗有人工清洗、自動機械清洗和自動化學清洗三種，由于人工清洗要中斷消毒且工作量大，操作時易損傷燈管，間隔時間長（自動清洗一般1～2次/h），故無法保證石英套管所必需的Zui低綜合透光率，因此除極個別特殊情況外極少使用。自動清洗系統的選擇與所使用的燈管有關，中壓高強度燈管的溫度在600～900℃，結垢嚴重，必須采用化學清洗；低壓高強度燈管的溫度低于110℃，結垢量和速度都遠遠低于中壓高強度燈管，因而可采用機械清洗，且在1～2次/h的清洗頻率內就不會結垢。
（4）二次污染及事故污染
正常運行時的二次污染來自化學清洗系統中的清洗劑，事故情況下的二次污染發生在燈管破損時汞進入水中，以及液壓驅動的自動清洗系統發生泄漏。汞燈使用固態汞合金（固定粘附在燈管兩端的突起點），當燈管破損時不會像液態汞那樣流到水中，只需將粘附著汞合金的石英碎片打撈出來即可。研究表明，該汞合金在污水中浸泡后水中汞的本底濃度未見升高。此外，該系統采用壓縮空氣為動力的自動機械清洗系統，不存在運行期間和事故泄漏造成二次污染的問題。
