真菌毒素是一種由微生物分類上屬于真菌的微生物產生的有毒物質，是真菌在食品或飼料里生長所產生的代謝產物，對人類和動物都有害。 真菌毒素的繁殖及毒素的產生主要依賴環境如溫度、濕度、氧氣、水分以及pH控制等，針對儲藏及加工過程，其防治方法主要有以下幾種：
1、控制環境溫度
真菌適宜生長溫度為24～32℃，飼料及原料儲藏保持低溫狀態，加工后飼料*行冷卻處理后再包裝及儲藏。
2、調節pH環境
霉菌適宜偏酸性環境，因此飼料加工中采取添加弱堿性成份，采用二氧化碳及氮氣進行飼料保存，以及添加防霉劑。
3、控制含水率及相對濕度
霉菌相對適宜濕度80%～90%，含水率為17%～18%，故濕度標準控制在低于80%，一般要求玉米、高粱、稻谷含水量≤14%，大豆、餅粕、麥類及副產品含水量≤13%。
4、減少污染源
對儲存倉庫及加工設備進行清潔清掃殺菌等處理，減少真菌對飼料的污染。
5、儲存環境設置
分區、墊高，以保證陰涼、通風、干燥，并防止蟲鼠害污染。
6、脫毒處理
1)物理脫毒
剔除法，就是利用人工、機械、電子設備將霉變原料籽粒篩選剔除，此法有效簡單 , 但效率較低；暴曬法，利用陽光降低水分，殺菌，減少霉菌及毒素的破壞作用，有效且成本低；水洗法，利用2%石灰水反復沖洗，并可除去霉變顆粒，較為有效；紫外輻射法，利用紫外線照射，簡單有效，去毒率達97%～99%。以上幾種方法較為常用。
2)化學脫毒法
有氨堿處理、浸提法、蒸煮法、氧化法、吸附法等；氧化法較為常見，主要是利用過氧化氫，能破壞所有的黃曲霉毒素；吸附法雖然能起作用，吸附毒素，但吸附劑仍然存在于飼料之中，不是理想的去毒方法；營養脫毒法，在飼料中添加抗氧化劑，也只能緩解毒素對細胞的毒性作用。
