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根據治理場合的空氣污染物和臭味源不同，選取的特定產酶菌種也不同。目前在菌種選取上本技術尚無特定行業標準，主要以能達成分解目標場所污染物和味源被，并且在充分治理后使場所到達到空氣質量國家標準為佳。目前上能夠采用的已知菌種為光合細菌、乳酸菌、酵母菌。
復合酶制劑生產菌種除要不斷進行選育外，還應遵守以下條件：①菌種特性要穩定，如產酶能力、半固體發酵用菌株的生孢子能力等不能減退或波動；；②不產生干擾生產或影響產品的副產物（如膠狀物、色素等）③不能使用產毒素的菌種和它們的近緣種。
每個微生物細胞有產生2500種以上酶的能力，但目前開發出的除臭酶在生產上使用的菌種數也很有限。因此，在酶的種類和劑型上都很有開發的潛力。在技術上，除誘變育種外，已開始采用融合、雜交等細胞工程和基因工程等技術來培育性能更優良的新型菌種。
室內空氣污染依照污染物種類可以分為甲醛污染、苯污染、氨氣污染等。這些污染物主要是針對室內空氣污染而言，這些物質是看不見摸不著的，它們混合在空氣中，通過呼吸道進入人體，對人體產生各種不良影響。據稱，氡、苯、甲醛、氨、三氯乙烯這些室內空氣污染物會導致人體35.7%的呼吸道疾病，22%的慢性肺病和15%的氣管炎、支氣管炎和肺癌，它導致的是多系統、多器官、多組織、多細胞、多基因的損害.無論何種空氣治理方法，對室內污染區域進行充分治理后，均應達到國家《室內空氣質量標準》GB/T 18883-2002（國家質量監督檢驗檢疫總局、國家衛生部、國家環境保護總局發布。）
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與傳統空氣治理辦法相比，微生物酶除臭治理有如下優缺點：
優點：
對人類，動物以及環境友好，無毒性或刺激性，且無二次污染。特定益生菌種有占位作用并能產生溶菌酶，防止其他有害菌或病毒滋生。對有機物治理分解*，代謝物多為水與穩定溫和的碳化合物。治理現場操作便捷，方便于其他設備搭配使用。[3]
缺點：
因不同污染源所需復合酶種類不同，研發和生產成本較高。與化學法治理相比所需反應時間更長?；罹苿┯行谳^短，保存條件相對要求嚴格。
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