當環境溫度不適應果蠅生長時（溫度低于18℃） ,培養基接種后的7d內,特別容易長霉。要避免長霉,應注意：
①培養果蠅的器皿要嚴格消毒。培養瓶洗干凈后,自然涼干, 再與棉塞一道進行高溫干燥滅菌（120℃, 30min） 。
②培養基營養要全面。果蠅培養基的種類很多,本實驗室用的是玉米培養基,配方如下:水750mL煮開,加瓊脂6. 2g,待瓊脂溶解后加白糖62.5g,攪拌溶解后加調成糊狀的玉米糊（玉米粉82. 5g,用冷水調成糊狀） ,煮開2～3min,加酵母粉7g,加熱1～2min,攪拌均勻后,移去火源,加丙酸2mL （起殺菌防霉的作用） 。培養基稍稍冷卻后,倒入已滅菌的培養基瓶中,盡量不要讓培養基粘在瓶壁上,塞好棉塞,放入仍有余熱的干燥箱中將瓶壁上的水蒸干。
③接種時消好毒。在無菌室內接種, 如沒有無菌室, 在接種前用75%酒精棉球擦雙手一遍。接種后,放入適宜果蠅生長溫度的培養箱中培養果蠅（溫度20～25℃） ,一旦下一代成蠅孵出來后,培養基就不易長霉。
長霉后的處理方法：
        若培養基長霉后,由于霉菌孢子漂浮于培養瓶的整個空間,包括果蠅身上,如將此果蠅接種到新的培養基中,大約經過4 ～5d,培養基將會重新長出霉菌來,遇到該問題,解決的方法只有兩種:一是不再接種這種長霉菌果蠅,重新接種未長霉的果蠅;二是采取措施殺死果蠅身上的霉菌孢子。
        殺霉菌方法為:將帶有霉菌孢子的成蠅倒入空培養瓶中,棉塞上倒適量的75%酒精,再將瓶口塞緊,利用酒精具有揮發性,揮發后的酒精充滿整個瓶內,從而將果蠅身上的霉孢子殺死。
提醒注意： 
1、倒在棉塞上的酒精量要合適，過多果蠅易醉昏，過少殺死不了霉菌孢子；
2、果蠅呆在空瓶內的時間要恰當，以2d為好。