生物通報(bào)道 美國(guó)威斯康辛大學(xué)麥迪遜分校的研究人員對(duì)人胚胎干細(xì)胞和誘導(dǎo)多能干細(xì)胞的蛋白質(zhì)組進(jìn)行了比較，發(fā)現(xiàn)這兩種細(xì)胞的蛋白表達(dá)和蛋白磷酸化存在微小但是可重復(fù)的差異。這些差異可能解釋了它們?cè)诜只芰ι系牟町悺Ｔ撗芯砍晒l(fā)表在一期的《Nature Methods》上。

與胚胎干細(xì)胞（ES）一樣，誘導(dǎo)多能干細(xì)胞（iPSC）能夠在體外無(wú)限擴(kuò)增，并有潛力發(fā)育成任何類(lèi)型的細(xì)胞。然而，不同的是，iPSC是由個(gè)體上容易獲取的組織（如皮膚）產(chǎn)生的。在形態(tài)、自我更新能力和分化潛能上，iPSC與ESC是難以區(qū)分的，但它們?cè)诜肿铀降南嗨瞥潭葏s存在爭(zhēng)議。盡管多個(gè)研究表明ESC和iPSC的整體基因表達(dá)水平相似，但也有一些研究報(bào)道了兩者在RNA水平、DNA甲基化等方面的微小差異。

為了了解ESC和iPSC在蛋白質(zhì)組和磷酸化蛋白質(zhì)組上的相似性，威斯康辛大學(xué)麥迪遜分校的研究人員利用了同位素標(biāo)記和高質(zhì)量精度質(zhì)譜，以及一個(gè)新近開(kāi)發(fā)的軟件工具進(jìn)行分析。這項(xiàng)工作是由威斯康辛大學(xué)化學(xué)系、威斯康辛基因組中心以及細(xì)胞和再生生物學(xué)系共同完成的。iPSC的創(chuàng)始人之一James Thomson教授正是這項(xiàng)工作的主要。

研究人員總共分析了8個(gè)細(xì)胞系，其中4個(gè)ES細(xì)胞系和4個(gè)iPS細(xì)胞系，每個(gè)重復(fù)三次。在六個(gè)星期之后，他們鑒定出近7,000個(gè)蛋白和超過(guò)19,000個(gè)磷酸化位點(diǎn)。其中293個(gè)蛋白和292個(gè)磷酸化蛋白在ESC和iPSC中差異較大。他們還發(fā)現(xiàn)在大多數(shù)情況下，細(xì)胞系中某一蛋白量的差異與RNA轉(zhuǎn)錄本的差異沒(méi)有關(guān)聯(lián)，而且表現(xiàn)出磷酸化差異的蛋白與表達(dá)差異的蛋白不重疊。

此外，數(shù)據(jù)的基因本體分析表明ESC和iPSC之間的差異可在轉(zhuǎn)錄組、蛋白質(zhì)組和磷酸蛋白質(zhì)組水平檢測(cè)到。他們?cè)趇PSC中發(fā)現(xiàn)了NSUN2的多次磷酸化事件，而ESC和iPSC的NSUN2轉(zhuǎn)錄本和蛋白水平無(wú)差異，說(shuō)明這與蛋白豐度無(wú)關(guān)。此外，iPSC中這些位點(diǎn)的磷酸化與成纖維細(xì)胞中觀察到的相似。這些結(jié)果表明，在重編程過(guò)程中體細(xì)胞程序并非*沉默。

之前的比較轉(zhuǎn)錄組和表觀基因組研究表明，iPSC存在對(duì)起源的體細(xì)胞類(lèi)型的“記憶”效應(yīng)，本研究也呼應(yīng)了這一點(diǎn)。這些殘留的分子記憶被認(rèn)為影響了iPSC的分化能力，正如一些研究所示，iPSC偏向于來(lái)源體細(xì)胞的譜系。不過(guò)，這次研究人員并沒(méi)有研究分化來(lái)證明這一假說(shuō)。這些重要問(wèn)題仍有待解決。

研究人員還將他們的數(shù)據(jù)整合成一個(gè)新的、開(kāi)放的數(shù)據(jù)庫(kù)，稱(chēng)為Stem Cell Omics Repository（SCOR），其中包含轉(zhuǎn)錄組、蛋白質(zhì)組和翻譯后修飾數(shù)據(jù)。研究人員認(rèn)為，關(guān)于ESC和iPSC的差異和相似性分析需要大規(guī)模的meta分析，這不可能由單個(gè)實(shí)驗(yàn)室完成。SCOR數(shù)據(jù)庫(kù)的建立將有助于這類(lèi)分析。

來(lái)源：生物通