“F1000（Faculty of 1000 Medicine）”又名“千名醫(yī)學(xué)家”，是由美國哈佛大學(xué)和英國劍橋大學(xué)等*2500名*醫(yī)學(xué)教授組成的機(jī)構(gòu)。其中近期zui受關(guān)注的七篇基因組學(xué)研究論文如下：

X. Argout, et al., "The genome of Theobroma cacao," Nature Genetics, 43:101-8, 2011.

來自法國和美國的研究人員利用454、Illumina和Sanger測序獲得了可可樹（Theobroma cacao）的基因組草圖。這種重要的經(jīng)濟(jì)作物正是美味巧克力的來源。研究人員拼接出76%的可可基因組，并鑒定出28,798個蛋白編碼基因。

研究小組使用的是全基因組鳥槍法策略，產(chǎn)生了26 Gb原始數(shù)據(jù)。利用這些原始數(shù)據(jù)，他們用羅氏的Newbler軟件完成了拼接，其中包含25,912個contigs和4,792個scaffolds。拼接的總長度為326.9 Mb，占可可基因組預(yù)計大?。?30 Mb）的76%。

真菌和oomycete疾病是*可可種植的主要限制，尋找天然的抗病基因也是可可育種計劃的主要目標(biāo)之一。研究人員鑒定出兩類抗病基因，發(fā)現(xiàn)許多抗病基因的QTL位點存在關(guān)聯(lián)。

研究人員還發(fā)現(xiàn)了編碼可可脂生產(chǎn)的基因?？煽啥怪泻?0%以上的可可脂，但84個基因控制了可可脂的量而不是質(zhì)。其他重要的基因也被發(fā)現(xiàn)，如味道、天然抗氧化劑、香氣、激素、色素等。改變這些基因可能產(chǎn)生味道更佳的巧克力，甚至更健康的巧克力。

V. Shulaev, et al., "The genome of woodland strawberry （Fregaria vesca）," Nature Genetics, 43: 109-16, 2011.

來自五大洲的聯(lián)合研究小組利用高通量測序平臺的組合，繪制出了野草莓（Fragaria vesca）基因組的草圖。

研究小組使用了羅氏454、Illumina和Life Technologies的SOLiD平臺對野草莓亞屬“夏威夷4”的2.4億個堿基對的基因組進(jìn)行了測序，覆蓋度達(dá)39倍。隨后他們利用Illumina測序?qū)⒉葺蛄泄羌埽╯caffold）拼接成7個假染色體，以追蹤基因組中的SNP標(biāo)志物。

研究人員還預(yù)測了34,809個蛋白編碼基因，其中包括25,000個目前已注釋的基因。與味道、營養(yǎng)價值和開花時間這些重要性狀相關(guān)的基因也被鑒定出。他們還檢測到569個tRNA，76個microRNA，許多其他RNA，以及數(shù)千個轉(zhuǎn)座元件，這些占基因組的五分之一以上。

G. Suen, et al., "The genome sequence of the leaf-cutter ant Atta cephalotes reveals insights into its obligate symbiotic lifestyle," PLoS Genetics,7（2）:e1002007, doi:10.1371/journal.pgen.1002007, 2011.

在這篇論文中G. Suen等完成了對切葉蟻的基因組測序。研究人員證實切葉蟻基因組缺失了幾個與營養(yǎng)獲得相關(guān)的基因，從而深入揭示了切葉蟻共生生活方式的基礎(chǔ)。

Y. Wurm,et al.,"The genome of the fire ant Solenopsis invicta," PNAS, DOI: 10.1073/pnas.1009690108, 2011.

C.R. Smith, et al., "Draft genome of the red harvester ant Pogonomyrmex barbatus," PNAS, DOI: 10.1073/pnas.1007901108, 2011.

兩個小組分別完成了對火蟻和紅色收獲蟻的基因組測序。

D.P. Locke, et al., "Comparative and demographic analysis of orang-utan genomes," Nature, 469: 529-33, 2011.
美國華盛頓大學(xué)醫(yī)學(xué)院的科學(xué)家領(lǐng)導(dǎo)的一個科研小組完成了紅毛猩猩的基因組測序，紅毛猩猩成為繼人類和黑猩猩之后第三個基因組成功測序的猿類。

科學(xué)家們驚奇的發(fā)現(xiàn)，紅毛猩猩的DNA改變程度如此之小，遠(yuǎn)遠(yuǎn)小于人類和黑猩猩的DNA變化。紅毛猩猩起源于約1200萬至1600萬年前，而人類和黑猩猩則起源于約500萬至600萬年前，所以紅毛猩猩進(jìn)化的時間更久。但是對這三種猿的基因組對比中發(fā)現(xiàn)，人類和黑猩猩得到或缺失的基因卻為紅毛猩猩的二倍多。

洛克和他的同事對六個蘇門答臘猩猩和五個婆羅洲猩猩進(jìn)行了測序，先前的研究估計他們在100萬年前進(jìn)化成為不同的物種。但是根據(jù)這篇1月26日的Nature文章報道，他們僅在40萬年前才進(jìn)化為不同的物種。華盛頓大學(xué)結(jié)構(gòu)遺傳學(xué)家Devin Locke說，先前的研究是建立在小部分基因組的數(shù)據(jù)之上的，當(dāng)擁有全部的紅毛猩猩基因組數(shù)據(jù)的時候，這一切的分析變得更加的容易。

J.K. Colbourne, et al., "The ecoresponsive genome of Daphnia pulex," Science, 331: 555-61, 2011.
由美國印第安納州大學(xué)的科學(xué)家領(lǐng)導(dǎo)的一個由多家研究機(jī)構(gòu)科研人員組成的研究小組完成了對水蚤的基因組測序。

研究人員在新研究中發(fā)現(xiàn)，這種極其細(xì)小的淡水蝦的親緣生物的基因組中充滿了各種基因。它有著比其他已知的所有動物的基因序列還要多的基因。研究人員證實，相比人類包含23000個左右的基因，在水蚤的DNA中包含了大約31000個基因；而且它只有相對較少的非編碼DNA。研究人員發(fā)現(xiàn)水蚤能擁有如此多的基因數(shù)量主要是因為水蚤具有很高的基因重復(fù)率。其基因重復(fù)率大概是其他無脊椎動物的三倍，比人類多出30%。并且其中超過三分之一的基因為水蚤世系所*，這對科學(xué)界而言無疑意味著全新的科學(xué)領(lǐng)域。

 進(jìn)而科學(xué)家們對水蚤基因家族共表達(dá)在代謝信號途徑中的相互作用開展進(jìn)一步研究證實這些重復(fù)基因并非隨機(jī)存在。不同環(huán)境條件下的基因表達(dá)分析結(jié)果表明大量的旁系同源基因在發(fā)生基因重復(fù)后獲得了不同的表達(dá)模式。那些水蚤特異性基因均對生態(tài)環(huán)境的改變極度敏感。

這一研究標(biāo)志著科學(xué)家們*次獲得了甲殼動物的完整基因組序列。研究結(jié)果表明這個看似簡單，有著透明身體、關(guān)節(jié)和四肢、復(fù)眼結(jié)構(gòu)以及簡單神經(jīng)和循環(huán)系統(tǒng)的小生物不僅擁有非常龐大的基因組，并且具有很多神奇之處。

“Faculty of 1000 Biology”創(chuàng)辦于2002年1月，是一種在線科研評價系統(tǒng)，其推薦原則立足于論文本身的科學(xué)意義而非發(fā)表在什么雜志上。該系統(tǒng)根據(jù)2300多名資深科學(xué)家的意見，提供對近期發(fā)表的生物科學(xué)論文的快速評論，目的是幫助廣大科研人員遴選和發(fā)現(xiàn)有價值的研究工作。該機(jī)構(gòu)專家根據(jù)論文對當(dāng)前世界生物醫(yī)學(xué)和臨床實踐的貢獻(xiàn)程度和科學(xué)價值，每年對SCI文章總數(shù)不足千分之二的精品醫(yī)學(xué)論文進(jìn)行推薦和點評，并賦予“F1000論文”稱號向醫(yī)學(xué)界推薦，涵蓋了醫(yī)學(xué)各個學(xué)科，是一項很高的學(xué)術(shù)榮譽(yù)。

來源：生物通