上周出版的Nature和Science雜志都公布了一項的癌癥研究新成果，而這兩項成果都采用了這一領域中倍受關注的兩項新技術，那么這兩項技術到底是什么呢，讓我們仔細往下看。

來自費城兒童醫院，賓州大學醫學院等處的研究人員通過全基因組關聯研究表明，在LMO1位點內的單核苷酸變異體與一種兒童期交感神經系統癌癥的遺傳性易感性相關。

這種全基因組關聯研究（Genome-Wide Association Studies，GWAS）是指通過對大規模的群體DNA樣本進行全基因組高密度遺傳標記（如SNP或CNV等）分型，從而尋找與復雜疾病相關的遺傳因素的研究方法。近年來這一研究技術發展迅速，獲得了許多不凡的成果。

兒童期交感神經系統癌癥：成神經細胞瘤是兒童zui常見的惡性腫瘤之一，占兒童腫瘤的10%，位居兒童惡性腫瘤第3位。這種僅次于白血病和原發性顱內腫瘤發病高峰為2歲左右，5歲內發病者占90%。

研究人員發現LMO1編碼一種以前與癌癥在一起的轉錄調控因子。同一位點上的獲得性結構變異在成神經細胞瘤患者中普遍存在，說明通過GWAS方式識別出的位點也許容易受體細胞改變（somatic alteration）的影響，所以可以用來識別潛在治療目標和/或癌癥攻擊性的生物標記。

在另外一篇文章中，來自麻省總醫院癌癥中心，螺旋生物科學（Helicos BioSciences）公司等處的研究人員發現一些有著高度重復性的DNA（衛星DNA（saliteDNA））轉錄得到的非編碼RNA能用于標記癌癥，這為探索癌癥的生物標記物提供了新的參考。這一研究成果公布在Science雜志上。

研究人員采用了一種新型數據基因表達分析方法，發現這種非編碼RNA在小鼠和人的腫瘤中有著驚人的高度表達：在胰腺導管腺癌（Pancreatic ductal adenocarcinoma）中的表達量要比在正常組織中高出大約40倍，在小鼠的結腸和肺腫瘤中的表達也有所增加。在人類胰腺腫瘤中的表達水平要比在健康胰腺組織中高大約21倍。

而且研究人員還發現這種衛星DNA的轉錄產物在人的肺癌、腎癌、卵巢癌和前列腺癌中的表達水平有所增加，這表明這種非編碼RNA的過度表達是幾種不同類型上皮癌的一個關鍵特征。研究人員認為這種非編碼RNA的過度表達可以作為探查癌癥的一種有用的生物標記。

原文摘要：

Integrative genomics identifies LMO1 as a neuroblastoma oncogene

Neuroblastoma is a childhood cancer of the sympathetic nervous system that accounts for approximay 10% of all paediatric oncology deaths1, 2. To identify genetic risk factors for neuroblastoma, we performed a genome-wide association study （GWAS） on 2,251 patients and 6,097 control subjects of European ancestry from four case series. Here we report a significant association within LIM domain only 1 （LMO1） at 11p15.4 （rs110419, combined P = 5.2 × 10−16, odds ratio of risk allele = 1.34 （95% confidence interval 1.25–1.44））. The signal was enriched in the subset of patients with the most aggressive form of the disease. LMO1 encodes a cysteine-rich transcriptional regulator, and its paralogues （LMO2, LMO3 and LMO4） have each been previously implicated in cancer. In parallel, we analysed genome-wide DNA copy number alterations in 701 primary tumours. We found that the LMO1 locus was aberrant in 12.4% through a duplication event, and that this event was associated with more advanced disease （P < 0.0001） and survival （P = 0.041）. The germline single nucleotide polymorphism （SNP） risk alleles and somatic copy number gains were associated with increased LMO1 expression in neuroblastoma cell lines and primary tumours, consistent with a gain-of-function role in tumorigenesis. Short hairpin RNA （shRNA）-mediated depletion of LMO1 inhibited growth of neuroblastoma cells with high LMO1 expression, whereas forced expression of LMO1 in neuroblastoma cells with low LMO1 expression enhanced proliferation. These data show that common polymorphisms at the LMO1 locus are strongly associated with susceptibility to developing neuroblastoma, but also may influence the likelihood of further somatic alterations at this locus, leading to malignant progression.
 

來源：生物通