RNA-Seq的數據分析方法就如雨后春筍般涌現。在基因組組裝上經驗豐富，曾參與人類基因組計劃。

HISAT全稱為Hierarchical Indexing for Spliced Alignment of Transcripts。它取代Bowtie/TopHat程序，能夠將RNA-Seq的讀取與基因組進行快速比對。

HISAT利用大量FM索引，以覆蓋整個基因組。以人類基因組為例，它需要48,000個索引，每個索引代表~64,000 bp的基因組區域。這些小的索引結合幾種比對策略，實現了RNA-Seq讀取的比對，特別是那些跨越多個外顯子的讀取。盡管它利用大量索引，但HISAT只需要4.3 GB的內存。這種應用程序支持任何規模的基因組，包括那些超過40億個堿基的。

StringTie能夠組裝轉錄本并預計表達水平。它應用網絡流算法和可選的de novo組裝，將復雜的數據集組裝成轉錄本。在分析模擬和真實的數據集時，StringTie實現了更完整、更準確的基因重建，并更好地預測了表達水平。

對于從人類血液中獲得的9000萬個讀取，StringTie正確組裝了10,990個轉錄本，而第二名的組裝程序Cufflinks只組裝了7,187個，提高了53%。對于模擬的數據集，StringTie正確組裝了7,559個轉錄本，比Cufflinks的6,310個提高了20%。此外，它的運行速度也比其他組裝軟件更快。

開展差異表達分析的工具。它能利用RNA-Seq實驗的數據，預測基因、轉錄本或外顯子的差異表達。