生物制藥凍干機廣泛應用于各種藥物、中藥、疫苗、生物制劑、微生物細菌和菌種等，生物制藥凍干機在進行冷凍干燥的生物制品、中藥材、藥品注射劑等是用于人口服或者用于注射到人、畜體內，如有污染，輕者將造成感染，重者甚至危及生命，所以生物制藥在生產的各個環節需要注意CIP在線清洗和SIP在線消毒滅菌，保證產品的“無菌"要求。

生物制藥凍干機的CIP在線清洗系統是確保凍干制品的質量要求。生物制藥凍干機的CIP在線清洗系統是指系統或設備在原安裝位置不作任何移動條件下的清洗工作，CIP在線清洗系統由噴嘴、電動控制閥門、清洗管道、增壓泵等組成。帶有清洗裝置的生物制藥冷凍干燥機在凍干箱內裝有各種噴頭和噴嘴，噴頭的安裝布置需要確保對每一個死角，配合清潔用水（符合制藥要求用水）進行清洗干凈。

生物制藥凍干機的CIP在線清洗系統的工作是通過加壓泵，給清洗管道內注入清洗用水,然后通過噴頭對箱體、隔板等進行噴射，在噴頭噴射同時板層作上下運行，這樣才能消除箱內和板層未清洗到的殘留物質，在箱體內清洗完成后，關閉各個閥門通過水環式真空泵進行抽空排水。達到清洗目的，生物制藥在線清洗系統需要滿足GMP要求, 清洗操作控制集成在控制系統內,生物制藥CIP在線清洗系統的程序控制運行和時間，由操作人員根據實際情況設定操作。在企業選用生物凍干機根據物料使用要求，選擇生物凍干機的CIP在線清洗系統或SIP在線滅菌系統，確保生產安全要求。