一個基因文庫中應包含的克隆數目與該生物的基因組的大小和被克隆 DNA片段的長度有關。原核生物的基因組較小，需要的克隆數也較少；真核生物的基因組較大，克隆數需相應增加，才能包含所有的基因。此外，每一載體DNA中所允許插入的外源DNA片段的長度較大，則所需總克隆數越少；反之則所需數越多。如果一個基因文庫的總克隆數較少，則從中篩選基因雖然比較容易，但給以后的分析造成困難，因為片段的長度增加了。如果要使每一克隆中的 DNA片段縮短，就須增加克隆數，所以在建立基因文庫前應根據研究目的來確定 DNA片段的長度和克隆的數目。

L.克拉克和J.卡邦在1975年提出一個統計學的公式來計算某一基因文庫中所應包含的克隆數目。在建立基因文庫時，任何一個DNA片段都是在隨機的基礎上被克隆的。