免疫熒光試驗（1F）用于炭疽與蠟樣芽孢桿菌繁殖體的鑒別表明：對于吸附反應能否*消除交叉反應，目前報道不一。IF與其他血清學診斷方法相比優勢在于，能檢測菌群抗原異質性。遺憾的是，人工微量流式記數速度太慢，敏感性也隨之下降。為提高其敏感性，采用流式細胞記數儀進行記數。

另外，熒光與偶聯物的穩定性、IgG分子內聚集可能影響試驗的性。結果表明，炭疽與蠟樣芽孢桿菌芽孢較難區分，用帶有蠟樣芽孢桿菌芽孢偶聯物進行吸附可大大減少炭疽和蠟樣的交叉反應，此時蠟樣芽孢桿菌芽孢的熒光強度不超過炭疽芽孢桿菌芽孢對照的14％。免疫熒光試驗多克隆抗體檢測芽孢表面抗原。當使用有交叉反應的抗體時，免疫熒光檢測由于觀察結果的主觀性，可能對結果估計過高。定量熒光強度可克服該缺點，但需大量人力。

定量間接免疫熒光試驗采用普通光學顯微鏡增加光纖、測光系統。熒光定量過程中發現使用熒光素蛋白A（F-PA）比熒光素／羊抗兔蛋白（F-SAR）與芽孢結合率高兩倍，可代替F-SAR行使其功能。目前，免疫熒光檢測多采用顯微玻片和微孔板兩種載體。多點顯微鏡玻片與聚乙烯、聚苯乙烯相比本底低、信噪比高。