蛋白質(zhì)組學(xué)一經(jīng)出現(xiàn)，就有兩種研究策略。一種可稱為“竭澤法”，即采用高通量的蛋白質(zhì)組研究技術(shù)分析生物體內(nèi)盡可能多乃至接近所有的蛋白質(zhì)，這種觀點從大規(guī)模、系統(tǒng)性的角度來看待蛋白質(zhì)組學(xué)，也更符合蛋白質(zhì)組學(xué)的本質(zhì)。但是，由于蛋白質(zhì)表達(dá)隨空間和時間不斷變化，要分析生物體內(nèi)所有的蛋白質(zhì)是一個難以實現(xiàn)的目標(biāo)。另一種策略可稱為“功能法”，即研究不同時期細(xì)胞蛋白質(zhì)組成的變化，如蛋白質(zhì)在不同環(huán)境下的差異表達(dá)，以發(fā)現(xiàn)有差異的蛋白質(zhì)種類為主要目標(biāo)。這種觀點更傾向于把蛋白質(zhì)組學(xué)作為研究生命現(xiàn)象的手段和方法。

　　早期蛋白質(zhì)組學(xué)的研究范圍主要是指蛋白質(zhì)的表達(dá)模式（Expression profile）, 隨著學(xué)科的發(fā)展，蛋白質(zhì)組學(xué)的研究范圍也在不斷完善和擴充。蛋白質(zhì)翻譯后修飾研究已成為蛋白質(zhì)組研究中的重要部分和巨大挑戰(zhàn)。蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用的研究也已被納入蛋白質(zhì)組學(xué)的研究范疇。而蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的解析即傳統(tǒng)的結(jié)構(gòu)生物學(xué)，雖也有人試圖將其納入蛋白質(zhì)組學(xué)研究范圍，但目前仍獨樹一幟。