通常以醫院的規模、性質和出水排放要求進行工藝的選擇，一般常用生化+消毒的工藝。

　　生物處理工藝：主要有活性污泥法、生物接觸氧化法、膜生物反應器、生物濾池等，不同的生化處理工藝的特點和適用綜合比較如下：

　　1.生物接觸氧化法：抗沖擊負荷能力高，運行穩定；容積負荷高，占地面積小，產泥少，管理方便；

　　缺點：膜脫落時易造成水體中SS濃度增高，供氧能耗較大；適用500床以下中小規模醫院廢水處理，尤其適用場地小，水量小，水質波動較大的和污染濃度較低的情況。

　　2.膜生物反應器：抗沖擊負荷能力強，出水優質穩定，有效去除SS和病原體，占地小，產泥少；

　　缺點：膜脫落時易造成水體中SS濃度增高，供氧能耗較大；適用300床以下小規模醫院廢水處理工程，尤其適用場地小，出水要求高和紫外消毒等的情況。

　　3.生物濾池：出水水質好，運行穩定，抗沖擊負荷能力強，無污泥膨脹問題，容積負荷高且省去二沉池和污泥回流，占地面積相對減少；

　　缺點：運行方式復雜，需反沖洗且反沖水量較大；適用300床以下小規模醫院廢水處理工程，尤其適用場地小和水質要求高等的情況。