從源頭上控制污染產生，實施清潔生產，是貫徹污染預防原則。這需要從生產設計、能源與原材料選用、工藝技術與設備維護管理等生產和服務的各個環節實行全過程控制。實施清潔生產的每個環節都離不開技術的支撐，而生物技術擔當起重要任務。在生物制造領域，要加快推進生物基高分子新材料、生物基綠色化學品、糖工程產品規模化發展；支持農產品精深加工和食品生物制造技術、裝備、工藝流程的研發及規模化生產；開發新型酶制劑，發展生物漂白、生物制漿、生物制革和生物脫硫等清潔生產工藝，加快生物制造技術推廣應用，降低物耗、能耗和污染。

在生物農業領域，要大力發展生物農藥、生物飼料及飼料添加劑、生物肥料、植物生長調節劑、動物疫苗、診斷試劑、現代獸用中藥、生物獸藥、生物漁藥、微生物全降解農用薄膜等綠色農用生物制品，推進動植物生物反應器的產業化開發，促進綠色農業的發展。開發具有抗病和促進生長功能的微生物藥品及其他生物制劑，保護和改善水域生態環境，發展健康養殖。