在目前的廢水處理現狀中，對次氯酸鈉的應用主要分為兩種情況。
 

　　首先是通過利用次氯酸鈉或者次氯酸鈣等進行藥劑投用，來進行專業化的醫療廢水處理。這種處理方式運行成本低，且操作簡便，因此在小型醫療機構中應用較為廣泛，并且產生較好的效果。但是這種處理方式通常局限于人數較少的醫療結構，并且污染成分并不復雜的情況。并且由于整個過程需要依賴于人工操作，因此存在著較大的不確定性，很難保證處理效果。
 

　　其次通過利用次氯酸鈉的自動生成設備，來進行自動化處理，并對藥劑進行自動化計量。通過應用這樣的處理方式，可以實現自動化的廢水處理，并保證整個處理過程的連續性，同時還可以通過藥劑計量的調整，來形成針對性的處理效果，使廢水中的相關污染成分被有效消滅。但是這種處理方式會產生較大程度的能源消耗，不僅會產生電量消耗，同時還會產生一定程度上的鹽耗，從而在無形之中增加了運行成本。經過長時間使用，相關設備將會產生強烈的腐蝕，需要專職人員做好針對設備的維修以及相應的管理工作，這同樣會造成處理成本的增加。綜上所述，如果醫療機構規模相對較大，患者數量相對較多，并且會產生大量的醫療廢水，廢水成分相對復雜，通過對這種方式的利用，可以產生較好的效果。