醫院污水處理一般應建造污水處理站，對醫院的污水進行集中處理。當醫院污水排放到有集中污水處理廠的城市下水道時，以解決生物性污染為主，采用一級處理。當醫院污水排放到地面水域時，應根據水體的用途和環境保護部門的法規與規定，對污水的生物性污染、理化性污染及有毒有害物質進行全面處理，應采用二級處理。
 

　　醫院污水消毒的流程：
 

　　污水通過排水管匯集到污水處理站，對于糞便污水應先通過化糞池沉淀消化處理，然后進入污水處理站。處理站設有格柵、調節池、計量池、提升泵和接觸池。消毒劑通過與水泵聯動或與虹吸定量池同步定量投加至待處理污水中，次氯酸鈉發生器通過管道或設備充分與污水混合后，進入接觸池，在接觸池內污水與消毒劑經過一定時間的接觸后達到水質凈化和消毒要求之后，排放入城市下水道。化糞池和沉淀池產生的污泥定期進行清除和消毒處理。
 

　　污水的二級處理即生物處理，次氯酸鈉發生器是利用微生物的代謝過程將污水中的有機物轉化為無機物。典型的二級處理工藝流程為 ：污水—格柵—調節池—初次沉淀池—生化處理—二次沉淀池—加消毒劑—接觸池。常用的方法有生物轉盤法、生物接觸氧化法、射流曝氣法、塔式生物濾池、氧化溝法等。