制藥廢水的處理難點在于廢水中的某些成分有可能抑制微生物的生長，進一步降低廢水的可生化性，使出水不符合排放標準。因此，提高可生化性是制藥廢水處理過程中面臨的首要問題。目前，制藥廢水的處理方法主要有生化法、化學法和物理化學法以及其組合方法。
       1、化學法
       化學法是廢水處理的傳統方法，目前以氧化法、電解法以及氧化法等作為制藥廢水的預處理及$級處理比較常見。
      微電解法目前已應用于工業廢水的處理。對鐵炭微電解系統處理高氮、難降解制藥廢水進行了研究，結果表明，填料的粒度，pH、鐵碳含量、氣水體積比和停留時間，影響鐵炭微電解系統的脫氮效率。馮雅麗等采用鐵炭微電解法預處理COD為10.08g/L，pH為8.3，鹽質量分數為3.5%，BOD5約為1400mg/L，B/C為0.14的高含鹽制藥廢水，優化反應條件：pH為4.5，鐵投加量40g/L，鐵炭質量比1：1，反應時間4h，COD去除率可達40%以上，并可以提高廢水的可生化性。該法處理設備簡單、易制作、操作方便、處理成本較低、適用范圍廣、易于同其他方法聯合使用等特點。
       2、物化法
       物化處理法通常情況下是用于高含量或生化性較差制藥廢水的預處理，也可用于后續的深度處理。主要的物理化學處理方法有混凝、吸附、氣浮、離子交換及膜分離法等。
       混凝是目前比較成熟的一項廢水處理技術，通常作為預處理工藝。蘇焱順等采用混凝沉淀工藝預處理某制藥企業中高含量制藥廢水，COD的去除率可達到40%以上。魏新渝等對Osmonics的DK和DL納濾膜深度處理抗生素制藥廢水的效果進行試驗研究，結果表明，在相同條件下，DK膜的通量隨時間的下降幅度較小，截留率較大;隨著溶質含量或溶液溫度的升高，納濾膜的通量下降幅度增大，截留率增大。膜分離技術可精細到分子水平，在污染物分離過程中無需添加任何藥劑，且無任何相變，在制藥廢水深度處理方面有很大的發展空間。周瑜等研究ABR-MBR聯合工藝處理高含量制藥廢水，進水COD為2500mg/L左右，可生化性差，出水水質達標。Dolar D等研究了混凝-微濾預處理后采用反滲透和納濾處理制藥廢水，出水效果很好，污染物去除率基本達到100%，并成功進行了膜清洗。
       3、生化法
       生化法主要是通過微生物代謝作用降解污水中的有機污染物，目前應用比較多的是UASB及其組合工藝。UASB厭氧反應器具有結構緊湊、有機負荷大、無需機械攪拌、處理效果好以及投資省等優點，在高含量制藥廢水以及其他工業廢水的處理中得到了廣泛的應用。
      楊可成研究用水解酸化調節池+UASB+SBR工藝處理金黃色素廢水，進水COD為2.8~16.5g/L，SS的質量濃度為600~1550mg/L，屬高含量制藥廢水，處理后的出水COD小于1g/L，COD去除率穩定在85%以上。Chong-Jian Tang等研究厭氧氨氧化(ANAMMOX)工藝處理高氮制藥廢水，處理效果較好，為高氮制藥廢水的達標排放提供了科學依據。
       4、其他組合工藝
       由于制藥廢水具有難降解的特點，單一處理工藝有時不能保證出水效果，因此國內外采用組合工藝處理制藥廢水的研究都比較多。組合工藝主要以化學法和生物法為主體進行展開，達到較好的處理效果。
       單獨采用一般的好氧工藝處理高含量制藥廢水，對有機物含量有一定的限制，有機物含量過高會對好氧微生物有一定抑制作用，也容易出現供氧不足的狀況，曝氣電耗大，氧利用率低，處理效果不理想。微電解-混凝組合工藝預處理制藥廢水，生物處理和活性炭吸附深度處理的研究表明，微電解混凝預處理可減少污染物的毒性，提高廢水可生化性，生物處理去除大部分的COD，活性炭吸附法作為處理進一步去除剩余的非生物降解的顆粒。預處理后COD和SS的去除率分別為66.9%和98.9%，組合處理工藝的COD去除率達96%，出水水質達到GB8978-1999三級標準各項指標。
      周俊采用催化氧化預處理+水解酸化+接觸氧化組合工藝處理合成類制藥廢水，進水COD=25g/L，預處理后COD去除率為85%，處理后出水COD≤0.5g/L，pH為6~9，該系統合理的流程組合充分體現工藝設計的合理性和*性，并能有效的達到處理制藥廢水的目的。
     宋吉娜等采用Fenton氧化-混凝沉淀-水解酸化-好氧工藝處理COD為高達16~20g/L的制藥廢水，好氧工藝之前去除了部分COD并提高了可生化性，再與低COD為1.8~2.2g/L的設備清洗排水和生活污水混合，zui后經過好氧工藝處理，出水COD達標。
     MABR中試實驗系統，包括水解酸化預處理，MABR工藝和活性炭吸附深度處理，用于處理高負荷制藥廢水。對MABR工藝的研究表明，MABR工藝能有效去除98%以上的COD和90%的氨。單膜曝氣的條件下，COD和NH4+-N容積負荷分別能夠達到1311g/(m3·d)和48.2g/(m3·d)，氧的利用率可高達45%。深度處理后，MABR系統出水保持穩定，COD低于200mg/L，NH4+-N的質量濃度低于3mg/L。