伴隨著經濟社會的飛速發展，我國的生態環境形勢日益嚴峻。黨和國家對此高度重視，提出建設美麗中國的戰略任務，大力推動生態文明建設，并加快推進環境保護稅立法進程。為實現這一目標，在環境保護稅立法過程中，應著重處理好以下六對關系。
　　
　　處理好兩個體系之間的關系。環境稅的開征涉及環境管理體系和稅務征收管理體系。這兩個體系由不同部門負責實施，兩部門之間應相互支持配合、協同共進。就征稅機構而言，若向污染者征收環境稅，就必須首先了解污染者的生產運行情況，核定其耗費環境資源的具體數量。然而，由于征稅機構與污染者之間存在信息不對稱的問題，且缺乏核實企業耗費環境資源情況的技術能力，故需要環保部門提供相關支持。與此同時，征稅部門通過征收環境稅，有助于遏制環境污染行為，促進環境質量提升。
　　
　　處理好環境保護稅收入分配和使用之間的關系。首先，要處理好中央與地方收入分配的問題。我國開征環境稅主要通過費改稅的形式進行，排污費收取后主要用于地方治理環境污染、進行環境基礎設施建設，開征環境稅后，中央和地方收入分配的問題必須處理好。其次，要處理好環境保護稅使用的問題。發達國家的經驗表明，如果將環境保護稅用于專門的環境基金，實現專款，公眾就會支持這一稅收，否則就會引起質疑。鑒于此，發達國家普遍建立了環境稅專款制度，如法國將95%的環境保護稅收入交由國家或跨地區的機構進行專款。我國可借鑒執行專款制度，將稅收專門用來治理污染，建設環境保護設施，加強環境管理，以充分發揮環境稅的作用。
　　
　　處理好公平與效率之間的關系。環境稅收制度要體現公平。在資源環境的開發、利用和保護上，所有主體一律平等，享有同等的權利，承擔同等的義務，因此，也應對自己所耗費環境資源負擔相應的成本代價。與此同時，要注重效率原則。向納稅人征收環境保護稅，會增加其成本，因此，確定合理的成本、使納稅人合理負稅就顯得尤為重要。若強制污染企業承擔過重的污染責任，可能會使企業面臨破產，顯然不利于經濟的可持續發展。因此，在設計環境稅稅率時，應保持總體稅收的平衡和穩定，使納稅人不會因為繳稅而不堪重負。
　　
　　處理好之間的協作關系。當前，化深刻影響著每一個國家的利益。在這種背景下，征收環境保護稅不能僅考慮本國國內的情況，還要綜合考慮因素的影響和制約。由于環境稅改變了相對價格，提高了企業成本，如果這一成本價格信號無法傳遞給用戶，且稅負轉嫁難以實現，就削弱了本國企業的競爭力。因此，應高度關注環境稅對本國企業參與競爭產生的副作用，加強同其他國家協作，力爭做到協同行動，努力為本國企業創制適應化的條件，切實保護本國企業的競爭力。
　　
　　處理好環境稅收制度與經濟發展的關系。開征環境保護稅會深刻影響一個國家的經濟發展。上一些學者對環境稅如何影響經濟發展進行了研究。有研究認為，開征環境稅對經濟發展起到副作用，并質疑弱式雙重紅利的存在；但也有研究認為，開征環境稅對經濟發展產生正效果，如MillockandNauges通過對法國空氣污染稅的經濟影響的研究，認為環境稅開征對經濟增長有著顯著的正影響。鑒于此，我國環境稅的開征應與我國整體發展發展水平相適應，避免對經濟發展產生副作用。應堅持合理適度的原則，以既能限制污染，又能促進生產方式轉變為前提，建立適合我國國情的環境稅收制度。
　　
　　處理好環境稅與其他環境保護手段的關系。開征環境稅并不是解決環境問題的藥方，它具有局限性，在有些環節或領域，它的作用可能會受到限制。在國外，為克服這一弊端，就將能源開發利用與環境保護相協調，注重將傳統的行政手段同市場手段結合起來。因此，要將開征環境稅與其他環境保護手段緊密結合起來，使之互為補充、協同共進。