傳統的農家肥也就是牲畜糞便堆肥，都是要添加秸稈的。這是因為糞便含水量太大，難以發酵，只有添加了秸稈、稻草之類的低含水量的輔料，降低到40左右的水分才會開始進行發酵，這是因為有益菌的生理活動造成的。而現代的畜禽糞便發酵有機肥技術可以通過添加菌種、發酵、粉碎、造粒等各個環節來解決在制作有機肥過程中出現的各種問題。
 

　　1、臭味：這就要從臭味的來源說起。在發酵中為了節省用地面積，都是選擇堆垛制肥，但是堆肥發酵過程是好氧發酵，堆體內部因為堆垛本身重力問題，會不停向下擠壓，從而導致孔隙度變小，再加上發酵導致堆體內氧氣不斷減少，堆體內部就會發生厭氧發酵。由于的厭氧發酵，堆體內部空氣不流通，這也就是為什傳統堆肥中只要一翻堆就臭氣沖天的原因。糞便本身也含有大量的病菌、蟲卵和寄生蟲，也會造成臭源。解決辦法：添加菌種，除臭、殺菌、促進發酵開始的起始溫度。為了促進氧氣進入堆體內部，很多糞便堆量較大的養殖場或者有機肥廠，借助程翔重工槽式翻拋機或行走式翻堆機，在溫度達到50℃以上時開始進行翻堆，夏季1天翻堆一次(冬：2~3天)。
 

　　2、后期發霉、長毛：這是因為糞便發酵腐熟不合格。一般發酵過程分為兩個階段：a、高溫階段(50~70℃)，打破細胞膜，將糞便變成有機質，這個過程需要7~10天，但需要注意的是此時的有機質是高分子物質；b、中低溫階段(30~45℃)，將高分子物質降解為小分子，此時的小分子才是真正意義上的有機肥。
 

　　3、不同糞便要有不同的處理方法：雞糞：糞尿一起排出，還占有大量的雞毛，而雞毛有一定的角質層組織，要經過很長一段時間的腐熟分解才能做成有機肥，與糞便分解速度相差很遠。所以在做有機肥時候要用滾筒篩分機將雞毛篩分出來。牛糞含水量很大，由于糞便中的特殊物質在后期會返潮，所以在后期必須烘干。