1：搖菌時間 - 過夜培養是一個普遍接受的概念，而且適合大部分情況。如果出現了問題，調整培養時間會有幫助：Nick 多，則增加培養時間；酶切出現問題，則減少培養時間。
2：起始菌體量 - 大家習慣說“從多少 ml 菌液中抽提質粒”，但一定要養成每次都觀察菌體量的習慣，因為質粒畢竟是在菌體中，而且，抽提質粒所用的試劑量，都只與菌體量有關。
3：菌體的*懸浮 - 如果沒有*懸浮菌體，則殘留的菌體團塊在溶液 II 加入后，變成一個外圍幾乎*裂解，往里不*裂解，中間沒有裂解的團塊。這個團塊在溶液 III 加入后，會有一部分蛋白質繼續存在于溶液中，成為蛋白質殘留的zui大根源。
4：使用相對過量的試劑 - 這是適合所有核酸抽提的建議。試劑相對過量的好處是：穩定性好，純度高，操作更簡單。如果認為這樣不經濟，就少用一點菌體。
5：裂解時間 - 加入溶液 II 后，混勻，體系能立即變得清澈。體系如果變得清澈了，馬上加入溶液 III 中和。如果體系不馬上變清澈，下次少用一點菌液，或者多用一點溶液。如今的質粒設計得越來越復雜了，奇怪的現象也越來越多，而所有的奇怪現象，多與裂解時間有關。
6：中和的操作 - 在 1.5ml 離心管中加入溶液 III 后，先顛倒兩次，使管底朝上，用指頭彈擊管底數次，再顛倒混勻。效果非常好。
7：中和后的離心去蛋白 - 一定要將蛋白質*離心下去。如果發現離心后仍然有蛋白質漂浮在液面，繼續離心的效果并不好；而將上清倒入另外一個離心管中，再離心，效果要好許多