1：搖菌時(shí)間 - 過(guò)夜培養(yǎng)是一個(gè)普遍接受的概念，而且適合大部分情況。如果出現(xiàn)了問(wèn)題，調(diào)整培養(yǎng)時(shí)間會(huì)有幫助：Nick 多，則增加培養(yǎng)時(shí)間；酶切出現(xiàn)問(wèn)題，則減少培養(yǎng)時(shí)間。
2：起始菌體量 - 大家習(xí)慣說(shuō)“從多少 ml 菌液中抽提質(zhì)粒”，但一定要養(yǎng)成每次都觀察菌體量的習(xí)慣，因?yàn)橘|(zhì)粒畢竟是在菌體中，而且，抽提質(zhì)粒所用的試劑量，都只與菌體量有關(guān)。
3：菌體的*懸浮 - 如果沒(méi)有*懸浮菌體，則殘留的菌體團(tuán)塊在溶液 II 加入后，變成一個(gè)外圍幾乎*裂解，往里不*裂解，中間沒(méi)有裂解的團(tuán)塊。這個(gè)團(tuán)塊在溶液 III 加入后，會(huì)有一部分蛋白質(zhì)繼續(xù)存在于溶液中，成為蛋白質(zhì)殘留的zui大根源。
4：使用相對(duì)過(guò)量的試劑 - 這是適合所有核酸抽提的建議。試劑相對(duì)過(guò)量的好處是：穩(wěn)定性好，純度高，操作更簡(jiǎn)單。如果認(rèn)為這樣不經(jīng)濟(jì)，就少用一點(diǎn)菌體。
5：裂解時(shí)間 - 加入溶液 II 后，混勻，體系能立即變得清澈。體系如果變得清澈了，馬上加入溶液 III 中和。如果體系不馬上變清澈，下次少用一點(diǎn)菌液，或者多用一點(diǎn)溶液。如今的質(zhì)粒設(shè)計(jì)得越來(lái)越復(fù)雜了，奇怪的現(xiàn)象也越來(lái)越多，而所有的奇怪現(xiàn)象，多與裂解時(shí)間有關(guān)。
6：中和的操作 - 在 1.5ml 離心管中加入溶液 III 后，先顛倒兩次，使管底朝上，用指頭彈擊管底數(shù)次，再顛倒混勻。效果非常好。
7：中和后的離心去蛋白 - 一定要將蛋白質(zhì)*離心下去。如果發(fā)現(xiàn)離心后仍然有蛋白質(zhì)漂浮在液面，繼續(xù)離心的效果并不好；而將上清倒入另外一個(gè)離心管中，再離心，效果要好許多