無論是在病毒還是在細胞中,DNA皆以緊密壓縮的結構存在。比如,在真核細胞中,DNA纏繞在組蛋白周圍形成核小體,并進一步凝聚成大家熟知的染色體結構。在哺乳動物精子中,DNA凝聚成更致密的面包圈狀(toroid)結構。了解DNA這些緊密排列的結構,并分析它們形成的動力學過程,對認識DNA復制甚至繁殖等生命過程皆有重要的意義。盡管對DNA凝聚的研究有近半個世紀的歷史,人們對其動力學仍然知之甚少。
利用單分子操縱技術,研究人員可以在體外模擬單個DNA分子的凝聚。例如,中科院物理研究所李明研究員等在2006年用單分子磁鑷研究了多價陽離子作用下DNA的凝聚動力學,利用施加于DNA上的張力使其凝聚速率降低,在有限的時間分辨率下發現了DNA的非連續凝聚行為,并揭示了張力對DNA凝聚動力學的影響[(J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 15040)]。
DNA是半柔性的高分子鏈,可以用彎曲彈性和扭轉彈性描述其力學性質。哺乳動物精子中的DNA凝聚成面包圈狀(toroid)的特殊結構以及實驗中所觀察到的非連續凝聚行為的物理根源是DNA的彎曲彈性。但DNA的扭轉彈性對DNA的凝聚有多大影響,還沒有明確說法。
zui近,中科院物理研究所/北京凝聚態物理國家實驗室(籌)李偉副研究員與李明研究員、王鵬業研究員以及新加坡國立大學嚴潔教授合作,用單分子技術研究了DNA的扭轉對其凝聚動力學的影響。他們用直徑約1微米的超順磁球將一根約3微米長的DNA懸掛在磁場中,用磁鑷操縱單個DNA分子。當DNA的兩條鏈的端點都被固定時(一端固定在顯微鏡蓋玻片上,另一端固定在超順磁球上),DNA的扭轉受到限制。實驗發現,DNA在凝聚過程中其扭轉彈性勢能會不斷累積。當扭轉彈性能積累到一定程度時,DNA在某一點達到凝聚與去凝聚之間的動態平衡。理論上,DNA的凝聚動力學由高價離子介導的DN片段間的相互吸引和DNA兩端所受的張力共同決定,而扭轉彈性勢能可調控DNA的凝聚,使系統自動到達凝聚平衡。
該工作明確了DNA的扭轉彈性對DNA凝聚的影響,加深了人們對體內DNA凝聚的認識。例如,在DNA凝聚體與哺乳動物精子的核基質的結合部位有較大量的拓撲異構酶(一種釋放DNA超螺旋的酶)。這些酶在該結合部位起什么作用還不十分清楚。本工作似乎暗示它們可能與DNA的凝聚有關聯,用于釋放DNA的扭轉以便DNA充分凝聚。