【基本原理】 
普遍采用的堿變性法具有操作簡便、快速、得率高的優點。其主要原理是，利用染色體DNA與質粒dna的變性與復性的差異而達到分離目的。在堿變性條件下（pH 12.6），染色體DNA的氫鍵斷裂，雙螺旋結構解開而變性，質粒DNA氫鍵也大部分斷裂，雙螺旋也有部分解開，但共價閉合環狀結構的兩條互補鏈不會*分離，當以pH 4.8的乙酸鈉將其pH調到中性時，變性的質粒DNA又恢復到原來的構型，而染色體DNA不能復性，形成纏繞的致密網狀結構，離心后，由于浮力密度不同，染色體DNA與大分子RNA、蛋白質SDS復合物等一起沉淀下來而被除去。分離質粒DNA的方法一般包括3個基本步驟：培養細菌使質粒擴增；收集和裂解細菌；分離和純化質粒DNA。 
【器材】 
1．1.5ml eppendorf 管 
2．微量加樣器 
3．培養皿 
4．臺式高速離心機 
5．高壓滅菌鍋 
【試劑】 
所有的試劑均需高壓滅菌（有機溶劑除外）

1．溶液I

50mmol /L 葡萄糖

25mmol/L Tris -Cl（pH8.0）

10mmol/L EDTA（pH8.0）

2．溶液II

0.2mol/L NaOH

1%SDS

臨用前配制

3．溶液III

5mol/L 乙酸鉀 60ml

3mol/L 冰乙酸 11.5ml

ddH2O 28.5ml

pH 5.2

4．RNase A：

10mg/ml

5．TE緩沖液：

1mmol/L EDTA in 10mmol/L Tris-Cl（pH8.0）

6．Tris-Cl（pH8.0）飽和

7．氯仿/異戊醇（v/v）：

24/1

8．70%：乙醇

9．LB/Amp：

LB/氨芐（50μg/ml）

【操作步驟】
1．從選擇性培養平板上取出一個菌落，移至含有2ml LB/Amp培養基的試管中。在37℃條件下振蕩培養12-16h。
2．將1.5ml培養物移至1.5 ml Eppendorf管中，4000 rpm離心8min。
3．棄上清，將細菌沉淀懸浮在100μl預冷的溶液I中，并加入2.5μl RNase A（10mg/ml）。
4．加200μl新配制的溶液II, 蓋緊管口。快速顛倒離心管5次使內容物混合、放置冰上5min。
5．加150μl預冷的溶液III，蓋緊管口。將管顛倒5-8次，冰上放置20min。
6．離心（1000rpm，4℃，5min），將上清轉移到另一離心管中。
7．加等體積苯/氯仿/異戊醇，振蕩混勻，離心同上。
8．將水相移至另一離心管中，加入2.5倍體積的無水乙醇混勻后置冰上20min。
9．10 000rpm 4℃離心10min。
10．棄上清，加入0.5ml 70%乙醇洗滌DNA沉淀，離心棄上清，在空氣中使質粒DNA干燥10min。
11．將質粒DNA溶于20μl，ddH2O中，4℃保存。