月餅作為我國中秋的傳統美食，花色品種豐富，各地也各具特色，深受人們的喜愛。月餅本身營養豐富，加之在生產、銷售季節多遇高溫、高濕的天氣，所以月餅的霉變以及菌落總數超標問題常有發生。
從事研究食品衛生行業多年的金大海透露，影響月餅生產衛生安全的因素有很多。主要是微生物污染問題。而微生物污染在生產的各環節中都有可能，要避免微生物對月餅生產的影響，在生產的每個環節中都需要嚴格控制。
首先是原料驗收環節，面粉的選用中：當產品中水分含量超標或受潮時，而導致致病菌污染。小麥生長中受環境化學污染、或農藥殘留超標，制造面粉過程中所使用的增白劑殘留超標前者可通過加強倉庫的衛生管理，原料保持干燥且后面的烘焙工序可以殺滅致病菌。后者則要求供應商提供產品合格證明。
輔料的驗收、面粉篩選、餅皮的制作、包餡料、打模成型等工序中，只要按照一般的操作方式進行清潔殺菌處理，一般都沒有微生物污染的可能性。
影響月餅衛生安全的主要因素還是在于生產的后半段，即烘焙、冷卻、包裝環節。如烘焙溫度和時間不當會令病原體殘留。要求烘焙爐內上溫210~220℃，下溫195~205℃，時間：≥25分鐘。嚴格按烘焙溫度和時間執行。
而更加需要注意的是，月餅冷卻階段的控制事項。
出爐后，溫度常高達１００℃左右，傳統作法是讓其在中轉庫中放置２４ｈ以上，讓其自然冷卻，然后密封包裝，因此，月餅生產不僅占據大量空間，生產周期較長，且因月餅長時間暴露于空氣中，易受細菌污染而影響月餅的保鮮期。如何縮短生產周期和延長月餅保鮮期，以及解決二次污染的問題，成為困擾廣大月餅生產企業的難題。
在月餅冷卻前，會采用紫外線或臭氧消毒，由于對人體健康有危害，在生產時必須中斷消毒，導致空氣中細菌迅速繁衍及人身上的發菌（新陳代謝）聚集，時時刻刻均有二次污染食品的可能性，為食品菌落總數超標或保質期內霉變埋下伏筆。
金大海建議要避免這種二次污染，采用傳統的紫外線與臭氧殺菌均不可采用。紫外線殺菌屬于靜態消毒方式，開啟紫外線燈時，全部人員應該離開消毒現場，以免造成人體傷害；臭氧殺菌屬于靜態消毒方式，高濃度的臭氧可以老化橡膠，使銅片銹蝕，但臭氧作空氣消毒時，并非使用純臭氧，又具有極易分解的特點，況且一般為間斷使用，故不易產生對環境設備的損害。用臭氧消毒空氣，必須是在人不在的條件下，消毒后至少過30分鐘才能進入。
菌落總數超標是導致食品質量不合格的重要原因之一，既給生產企業帶來了聲譽和經濟上的損失，也對消費者產生了危害。不管是大型企業還是小作坊，都面臨產品遭受微生物污染的難題。食品在生產中，容易感染微生物，因其營養豐富，是微生物的良好培養基，在溫度、水分適宜情況下，微生物便會大量繁殖，導致菌落總數超標，出現感官上的變化和變味等問題，并縮短產品的保質期。
那么，為什么采取了空氣消毒的方法，產品中的微生物還會超標呢？這是由于紫外線消毒、化學熏蒸、臭氧殺菌等方法存在一定的局限性，不能在動態情況下持續殺菌：屬于靜態殺菌技術不能在動態情況下持續殺菌：1、用紫外線、化學藥劑或臭氧對車間進行殺菌，對人體健康有危害，所以，在工人操作時，就應停止使用，因而，不能實現在有人狀態下的持續動態消毒，導致消毒的中斷。2、在沒有任何消毒設施的情況下，細菌的迅速繁衍及人身上的發菌（新陳代謝），使得空氣環境中積累了大量的污染物，食品安全得不到有效保障。
上海某食品行業負責人推薦使用Nicoler殺菌技術對于內包車間進行消毒。NICOLER殺菌設備的原理為：通過特殊的脈沖信號使得NICOLER發生腔產生逆電效應，生成大量的殺菌因子，整個殺菌過程只需0.1秒，使生產車間的環境保持在相對的“無菌無塵”狀態。在對車間消毒時，人可同時在車間內工作，對人體沒有任何危害，所以，該種NICOLER消毒技術也稱作“食品動態殺菌機”。
此外在包裝環節也需要多加注意。使用半自動包裝機：先把幾個空托當作月餅，用包裝機封口。封口完畢后，用手壓、腳踩，觀察熱封的氣密性和牢固性。把包裝機的溫度、壓力、速度凋好；把餅涼凍到不燙手，接近室溫時，即可入托、入袋。并把袋口向上的月餅一個個排到烘盤中準備放入脫氧劑；預計烘盤中餅的數量，從袋子中取出適當數量的脫氧劑，把未用完的脫氧劑，排出袋內空氣后封袋。而倒出來的脫氧劑由專人馬上放到月餅托的側面（如托底無孔。也可放到托底）。入好脫氧劑的餅馬上封口。保證無折痕，熱封的氣密性、牢固性合符要求
使用全自動包裝機：一定要先調好溫度、速度、壓力后才正式包裝，并要特別注意背封線是否密封。密封強度夠不夠，操作工為有責任心的熟練工為好。調試封口強度的簡單方法為：把空托當月餅來包裝若干個，后用腳踩用手擠壓來觀察有沒有泄氣或漏氣（當然也可用儀器去檢測）。確認密封強度夠后，還要觀察橫封線、背封線表面膜有沒有燙壞，擦壞。如果表面膜損壞后透氧率會大大增高。在確認封口質量合格后才正式包裝。
