寵物醫院污水中含有大量細菌、病毒、寄生蟲卵、寵物糞便及有毒有害物質，有的可能含有放射性，但污水量少特點。

寵物醫院污水處理工藝一般采用生物接觸氧化+沉淀+消毒工藝，即A/O工藝處理。污水中氨氮轉換成亞硝態氮、硝態氮，再通過反硝化菌作用把硝態氮轉換成氮氣，從污水中脫氮。要點是注重污水、污泥的殺菌消毒方式。關鍵是殺滅病原菌。寵物醫院一般占地面積較小，而傳統的污水處理工藝需要的占地面積比較大,加上工藝復雜,一次性投資、運行費用高。

寵物醫院污水處理可采用多級過濾+膜處理+消毒工藝
寵物醫院污水經格柵清除懸浮物、藥棉、紗布及糞便雜物后進入污水調節池。污水調節池內加臭氧消毒,然后經過加壓進入粗效過濾器,去除小顆粒SS,再經過過濾器, 去除超細顆粒，經活性碳吸附去除部分廢水中的有機物,　再過超濾和RO反滲透；消毒后，可達標排放。

消毒可分為紫外線消毒、氯化物或臭氧等。
臭氧是一種強氧化劑，氧化能力高于氯和二氧化氯，能破壞分解細菌的細胞壁，很快地擴散透進細胞內，氧化分解細菌內部氧化葡萄糖所必須的葡萄糖氧化酶等，也可以直接與細菌、病毒發生作用，破壞細胞、核糖核酸（RNA），分解脫氧核糖核酸（DNA）、RNA、蛋白質、脂質類和多糖等大分子聚合物，使細菌的代謝和繁殖過程遭到破壞。細菌被臭氧殺死是由細胞膜的斷裂所致，這一過程被稱為細胞消散，是由于細胞質在水中被粉碎引起的，在消散的條件下細胞不可能再生。但是，與次氯酸類消毒劑不同，臭氧的殺菌能力不受PH值變化和氨的影響，其殺菌能力比氯大600-3000倍，它的滅菌、消毒作用幾乎是瞬時發生。