液相法可以解決直接包被于固相表面的抗原構(gòu)象可能發(fā)生改變的問題。此外，這個方法也使以結(jié)合性親和力使基礎(chǔ)的選擇更加簡單，因為展示多個抗體的噬菌體并無選擇優(yōu)勢。液相法也易于控制抗原的濃度，這也有利于選擇到有較高親和力的抗體。為了在液相中進行噬菌體抗體選擇，可以使用任何免疫化學(xué)試劑公司銷售的試劑盒對抗原進行*化。將抗體文庫與*化抗原孵育后，用鏈霉親和素或親和素磁珠能夠把抗原和其所結(jié)合的噬菌體，與未結(jié)合的噬菌體抗體分離開來。經(jīng)適當(dāng)洗滌后，再用溶液酸或堿溶液洗脫噬菌體抗體。這個方法存在一個問題，就是能識別鏈霉親和素的抗體也被分離出來。要避免這個問題，可以在選擇前預(yù)先削減文庫中的鏈霉親和素結(jié)合抗體；在各輪選擇中，交替使用親和素與鏈霉親和素（這兩種生物結(jié)合蛋白結(jié)構(gòu)上差異甚大，不會發(fā)生交叉反應(yīng)。）；或者用二硫化N—羥基丁二酰亞胺*酯（NHS-SSbiotin）標(biāo)記抗原并用DTT進行洗脫。