海洋生態系統按海底的深度和形態特點分為：
1．淺海生態系統
水深6～200m左右的大陸架范圍。世界主要經濟漁場幾乎都位于大陸架和大陸架附近，這里具有豐富多樣的魚類。陸架區的許多海洋現象都具有顯著的季節性變化，潮汐、波浪、海流的作用都比較強烈。海水中含有大量的深解氧和各種營養鹽類，所以陸架區特別是河口地帶是漁業和養殖業的重要場所；由于陸架區有著豐富的有機質，特別是繁殖極快、數量極大和很快死亡的微生物殘骸，它們長期埋藏在陸架區沉積盆地泥砂中，在缺氧的環境下，受到一定的溫度、壓力和細菌的分解作用，形成巨大的海底油氣田，目前世界上許多國家在大陸架上開采或正在計劃開發利用這個天然的海底寶庫。
2．深海生態系統
深海帶動水深2000～6000m環境條件穩定，無光、溫度在0—4oC左右，海水化學組成比較穩定，底土是軟相粘泥，壓力很大，因為深海中沒有進行光合作用的植物，食物條件苛刻，全靠上層的食物顆粒下沉。由于無光，深海動物視覺器官多退化，或者具發光的器官，也有的眼極大，位于長柄末端，對微弱的光有感覺能力，沒有堅固骨骼和有力肌肉，有薄而透明的皮膚以適應高壓的特征。
3．大洋生態系統
從深海帶到開闊大洋，深于日光能透入的zui深界線。大洋面積很大，但水環境相當一致，惟有水溫變化，尤其是暖流與寒流的分布。由于大洋缺乏動物隱蔽場所，所以大洋動物一般有明顯的保護色。
4．火山口生態系統
zui近，一些學者在考察深海生物時，發現了一種極為特殊的生物群落，它位于Galapago 群島附近深海的*海嵴的火山口周圍，火山口放出的水流溫度高于周圍200oC，棲居著生物界前所未知的異乎尋常的生物，如1／3m長的蛤蜊，3m長的蠕蟲，它們的食物來源是共生的化學合成細菌，它通過氧化硫化物和還原C02而制造有機物，生產三磷酸腺苷。
5．河口生態系統
河口灣是大陸水系進入海洋的特殊生態系統，由于許多河口灣是人類海陸交通要地，受人類活動干擾甚深，也易于出現赤潮，河口灣生態學是一重要研究領域。一般地說，河口區生物的種類組成較為復雜，多樣性指數較高。
這里需要說明的是，根據《濕地公約》的規定，把低潮時水深不超過6m的海域歸為濕地范疇，所以潮間帶生態系統等未劃入海洋生態系統范疇。但潮間帶海洋植物是海洋生態系統生產者的重要組成部分
