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臭氧在礦泉水，純凈水生產應用于滅菌已很普遍。其中在礦泉
水 中生產中，臭氧滅菌可不損失和影響水中的有益元素，為生產高
質量的礦泉水提供保障。在一定濃度下5-10min鐘內，臭氧對各種菌
類都可以達到殺滅的程度。臭氧混合器是為加強臭氧殺菌特設的設備 在里面，臭氧與水充分混合。其濃度達到2mg/L時，作用1min,可將
大腸桿菌，*，細菌的芽孢，黑曲霉、酵母等到微生物殺死。實際上，只要臭氧濃度達致閾值，可在極短間內將微生物殺滅。當水中濃度達到0.5mg/L時，作用5min可將水中細菌全部殺死。而水中的鍶、偏硅酸、重碳酸鹽、總礦度，總堿度不受高濃度臭氧的影響。
臭氧對酵母和寄生生物等也有活性，例如可以用它去除以下類型的微生物和病毒。
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①病毒 已經證明臭氧對病毒具有非常強的殺滅性，例如Poloi病毒在臭氧濃度為0.05-0.45mg/L時，2min就會失去活性。
②孢囊 在臭氧濃度為0.3mg/L下作用2.4min就被*除掉。
③孢子 由于孢衣的保護，它比生長態菌的抗臭氧能力高出10-15倍。
④真菌 白色念珠菌（candida albicans）和青霉屬菌（penicillium）能被殺滅。
⑤寄生生物 曼森氏血吸蟲（schistosoma mansoni）在3min后被殺滅。
此外，臭氧還可以氧化、分解水中的污染物，在水處理中對除嗅味、脫色、殺菌、去除酚、氰、鐵、錳和降低COD、BOD等都具有顯著的效果。
應當注意，雖然臭氧是強氧化劑，但其氧化能力是有選擇性的，像乙醇這種易被氧化的物質卻不容易和臭氧作用。