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用于 Ion Torrent™ 系統的 Ridom™ SeqSphere+ 軟件（學術/政府）

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產品型號Ion Torrent

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廠商性質其他

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更新時間：2023-04-02 14:12:48瀏覽次數：156次

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產品簡介

用于 Ion Torrent™ 系統的 Ridom™ SeqSphere+ 軟件（學術/政府）

詳細介紹

Ridom 的 SeqSphere+ 軟件可自動處理和分析獲取自 Ion Torrent™ 系統的微生物序列數據。SeqSphere+ 軟件支持全基因組微生物分型 (MLST+) 或傳統 MLST 測序項目。此軟件可幫助單獨實驗室和分散的工作組（客戶端/服務器模式）輕松分享數據。許可證選項有 1、3 或 5 年；2 或 5 個席位以及商業或學術/政府實驗室。

Ridom SeqSphere+ 軟件特點：

?用戶友好：無需腳本技巧或生物信息學家

?高度自動化工作流程：下載預設計任務模板或創建定制模板，然后將其應用于數百種菌株的分析，幾乎無需用戶干預。

?單一、擴展命名服務：、的命名服務，支持“分子分型世界語"

?DNA 重新測序編輯器：編輯和分析 Ion Torrent™ 數據（例如 MLST、MLST+）的參比映射組裝，可自動校正均聚物相關插入/刪除錯誤。

?Sanger 數據：組裝、編輯和分析 Sanger CE 測序數據（例如 MLST）。

?分析工具：從流行病學、進化或功能分析的對照表中選擇數據條目。使用極小生成樹或 UPGMA/鄰接樹對數據條目進行聚類和可視化。

?數據庫：
--從存儲在集成數據庫中的流行病學和 DNA 序列數據中存儲、搜索、檢索、導出和創建報告。根據存儲的數據搜索新序列條目。
--數據字段符合 NCBI BioSample 的元數據要求。支持數據條目合理性檢查。

?細菌分型：使用公共或自定義的查詢庫和任務模板，通過用戶自定義的質量參數（例如，覆蓋率、終止密碼子）自動進行細菌分型。

?Ridom 社區：
--快速且易于與其他機構分享任務模板，或從任務模板“存儲"中在線下載這些模板。
--可選擇為命名和流行病學數據的單一、、擴展、公共可用數據庫作出貢獻。大型（上述）國家機構可根據要求獲取其自身的流行病學數據服務器。

?安全：
--傳輸中的數據加密 (SSL)
--多種可配置的用戶角色、用戶組和訪問控制
--審計跟蹤功能（人員、時間和定義）

計算機規格（下限）

客戶端計算機 OS：Windows™ 7 64-bit，CPU：Core i5，RAM：8 GB，HD：500 GB，使用公共 Ridom MLST+ 命名服務器 & 任務模板“儲存"需要 Internet 連接（支持使用專用和本地命名法并生成自定義任務）。

服務器計算機操作系統：Windows™ 7/Linux 64-bit（推薦 Ubuntu LTS），CPU：Core i5，RAM：8 GB（如果在本服務器上完成了 MIRA 從頭組裝，則建議使用 48 GB），HD：2 TB（建議使用 RAID 級別 1 或 5），建議不要將 NGS 計算機用作服務器。

For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.