生物安全柜可分為一級、二級和三級三大類以滿足不同的生物研究和防疫要求。
一級生物安全柜可保護工作人員和環境而不保護樣品。氣流原理和實驗室通風櫥一樣，不同之處在于排氣口安裝有HEPA過濾器。所有類型的生物安全柜都在排氣和進氣口使用HEPA過濾器。一級生物安全柜本身無風機，依賴外接通風管中的風機帶動氣流，由于不能對試驗品或產品提供保護，目前已較少使用。
是目前應用廣泛的柜型。 與Ⅰ級生物安全柜一樣，也有氣流流入前窗開口，被稱作“進氣流”，用來防止在微生物操作時可能生成的氣溶膠從前窗逃逸。與Ⅰ級生物安全柜不同的是，未經過濾的進氣流會在到達工作區域前被進風格柵俘獲，因此試驗品不會受到外界空氣的污染。 的一個之處在于經過HEPA過濾器過濾的垂直層流氣流從安全柜頂部吹下，被稱作“下沉氣流”。下沉氣流不斷吹過安全柜工作區域，以保護柜中的試驗品不被外界塵埃或細菌污染。
按照NSF49的中的規定，依照入口氣流風速、排氣方式和循環方式可分為4個級別：A1型，A2型(原B3型),B1型和B2型。所有的都可提供工作人員、環境和產品的保護。
A1型安全柜前窗氣流速度最小量或測量平均值應至少為0.38m/s。70%氣體通過HEPA過濾器再循環至工作區，30%的氣體通過排氣口過濾排除。A2型安全柜前窗氣流速度最小量或測量平均值應至少為0.5m/s。70%氣體通過HEPA過濾器再循環至工作區，30%的氣體通過排氣口過濾排除。A2型安全柜的負壓環繞污染區域的設計，阻止了柜內物質的泄漏。
二級B型生物安全柜均為連接排氣系統的安全柜。連接安全柜排氣導管的風機連接緊急供應電源，目的在斷電下仍可保持安全柜負壓，以免危險氣體泄漏如實驗室。其前窗氣流速度最小量或測量平均值應至少為0.5m/s(100fpm)。B1型70%氣體通過排氣口HEPA過濾器排除，30%的氣體通過供氣口HEPA過濾器再循環至工作區。B2型為99%全排型安全柜，無內部循環氣流，可同時提供生物性和化學性的安全控制。
各柜體類型性能比三級生物安全柜是為4級實驗室生物安全等級而設計的，是目前高安全防護等級的安全柜。柜體*氣密，99%全排放式，所有氣體不參與循環，工作人員通過連接在柜體的手套進行操作，俗稱手套箱(Golve box)，試驗品通過雙門的傳遞箱進出安全柜以確保不受污染，適用于高風險的生物試驗。
在允許循環化學氣體的操作條件下，可以使用外接排放管道蓋（Exhaust Collar）的A2型。排放管道蓋與一般硬管不同的是有可吸入空氣的進氣孔；排放管道蓋與外排管道連接，然后接到一個外排風機。排放管道蓋上的進氣孔對于A2型通過內置風機保持進氣流和下沉氣流的平衡至關重要。如果使用密封的外接風管，進氣流將會過強可能導致安全柜對產品的保護實效；而排放管道蓋上的進氣孔可以從室內吸入空氣，而不會影響安全柜內的氣流平衡。此條件只適用于微量有毒化學物質。
如果不允許循環化學氣體，則必須使用裝備硬管的B2型。由于B型安全柜不是獨立平衡系統，它的內置風機只能制造下沉氣流，安全柜依賴外排風機制造進氣流。這種型號的安全柜在安裝和維護時會較為復雜，因為外排風機必須與內置風機保持平衡，否則將導致對操作人員或產品的安全性能的失效。
