凈化組合式空調器通常由如下段位組成：新回風混合段、粗效過濾段、加熱段、表面冷卻段、加濕段、風機段、滅菌段、二次回風段、中間段、中效過濾段、出風段、消聲段。通常在新風和回風的入口處設有手動調節閥，如凈化空調系統設有自動控制裝置時，在新風入口和回風入口處均裝設電動調節閥，在過渡季節可增大新風量有利于節能。粗效過濾段，內裝板式或袋式粗效過濾器，板式粗效過濾器占用的空氣比袋式粗效過濾器的小，可使機組長度縮短，節約機房面積。
對于生物潔凈室要選用干飽和蒸汽加濕器，不會污染空氣且加濕量容易控制，若采用水噴霧加濕器，不管是離心還是超聲波式，由于水槽容易滋生細菌，所以在生物潔凈室工程中盡量不選用該類加濕段。在滿足系統要求的前提下，盡量選用低轉速的風機，這樣可減小噪聲，與一般空調相比，其風量越大，風壓高，選用彈簧式減振器效果較好。
滅菌段內裝臭氧發生器或紫外線滅菌燈，臭氧滅菌屬環保型滅菌，滅菌效果好，可把機組內、管道系統內及潔凈室內的細菌殺滅；紫外線滅菌只對機組內表面有滅菌效果，對流動的空氣幾乎沒有什么滅菌效果，臭氧滅菌應在潔凈室內無人狀態下進行，否則對人體呼吸系統及黏膜有損壞作用。組合式凈化空調機組各段位排列順序不同，有些段之間必須設中間段以供日后檢修使用，所以中間段內不裝什么設備，只設置檢修門。
出風段，其上留有出風口及調節閥，出風口可設在頂部，也可設在側部，視具體情況而定，如醫院潔凈手術部，在其頂部均設置技術夾層，這時可選用側面開口的出風段，以減少彎頭，簡化系統。
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