色譜柱在使用前，進行柱的性能測試，并將結果保存起來，作為今后評價柱性能變化的參考。但要注意：柱性能可能由于所使用的樣品、流動相、柱溫等條件的差異而有所不同；另外，在做柱性能測試時是按照色譜柱出廠報告中的條件進行(出廠測試所使用的條件是條件)，只有這樣，測得的結果才有可比性。
b、使用予處理柱除去樣品中的強極性或與柱填料產生不可逆吸附的雜質。 液相色譜是樣品組分在柱填料與流動相之間質量交換而達到分離的目的，因此要求流動相具備以下的特點：a、流動相對樣品具有一定的溶解能力，保證樣品組分不會沉淀在柱中(或長時間保留在柱中)。b、流動相具有一定惰性，與樣品不產生化學反應(特殊情況除外)。c、流動相的黏度要盡量小，以便在使用較長的分析柱時能得到好的分離效果；同時降低柱壓降，延長液體泵的使用壽命(可運用提高溫度的方法降低流動相的黏度)。d、流動相的物化性質要與使用的檢測器相適應。如使用UV檢測器，使用對紫外吸收較低的溶劑配制。e、流動相沸點不要太低，否則容易產生氣泡，導致實驗無法進行。f、在流動相配制好后，一定要進行脫氣。除去溶解在流動相中的微量氣體既有利于檢測，還可以防止流動相中的微量氧與樣品發生作用。因柱效是柱中流動相線性流速的函數，使用不同的流速可得到不同的柱效。對于一根特定的色譜柱，要追求柱效，使用流速。對內徑為4.6mm的色譜柱，流速一般選擇1ml/min，對于內徑為4.0mm柱，流速0.8ml/min為佳。當選用流速時，分析時間可能延長。可采用改變流動相的洗滌強度的方法以縮短分析時間(如使用反相柱時，可適當增加甲醇或乙腈的含量)。a.由于甲醇廉價，對于反相柱推薦使用甲醇體系(必須使用乙腈的場合除外)。 b.對于正相柱推薦使用沸程為30-60℃的石油醚或提純后的己烷作流動相，沒有提純的己烷不得使用。用水使用超純水(電阻率大于18兆歐)，去離子水及雙蒸水中含有酚類雜質，有可能影響分析結果。c.含水流動相最*在實驗前配制，尤其是夏天使用緩沖溶液作為流動相不要過夜。加入，防止細菌生長。d.流動相要求使用0.45 µm濾膜過濾，除去微粒雜質。e.使用HPLC級溶劑配制流動相，使用合適的流動相可延長色譜柱的使用壽命，提高柱性能。
只要是有機溶劑就行，不過黏度不要太大，因為有機溶劑能夠防止細菌生長，沖柱子的目的就是為了防止細菌生長堵塞儀器系統和柱子。一般甲醇和乙腈相互沖洗是沒有問題的，但乙腈要比甲醇價格貴的 。
在使用過程中，填料下沉，在柱子進口處出現一個小空間，使得分離效果不良。
補救方法：卸開柱頭螺絲，找一點同類填料，用甲醇濕潤后，添在柱子上，反復幾次。然后裝上螺絲，用溶劑沖洗1-2小時，使之平衡。
正確使用緩沖鹽很有必要，既可以防止緩沖鹽析出，也可以達到提高色譜柱使用壽命的目的。我們不妨用一句話來總結它的使用方法：用前要過濾，用后需沖洗。
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