在潔凈室建設或改建時，不能依賴于竣工驗收來保證潔凈室的質量，必須從設計及設備選型階段就嚴格把關，在建設的全過程中對主要關鍵點嚴格檢查、監督，在實際使用中定期監測才能保證潔凈室達到設計指標和使用要求。

無菌科研是任何標明“無菌"的科研，生產潔凈室是保證無菌科研質量的基本條件，控制無菌科研生產過程的環境并規范其生產，防止環境對無菌科研污染，潔凈室必須滿足規定環境參數的要求來建設和定期監測。

溫度和相對濕度無菌科研在無特殊規定時，通常要求溫度在法規標準檢測Standard and Testing18~28 C，濕度在45%~65%，企業一般都可以控制在要求內。如在動態監測中發現達不到要求，可能是室內有產熱大的儀器設備。

風量、換氣次數、靜壓差在潔凈室體積確定的情況下，換氣次數由該室的送風量決定，而靜壓差取決于房間的送風量與回風量、排風量的差值。系統總送風量、新風量、總排風量和對外壓差可以通過調整風機頻率轉速或總閥門開啟度來實現，各房間的風量和壓力則可通過調整分支管路閥門開度來實現。