生物安全防護水平為二級的實驗室（BSL-2實驗室）適用于操作能夠引起人類或者動物疾病的微生物，但這類微生物在一般情況下對人、動物或者環境不構成嚴重危害，傳播風險有限，被感染后很少引起嚴重疾病，并且具備有效的治療和預防措施。BSL-2實驗室與BSL-1實驗室的主要區別在于：①操作致病微生物；②實驗活動種類多；③實驗室感染概率高，后果一般不嚴重。

生物安全二級實驗室操作對人類或者動物致病的微生物，有生物風險。而且，這類實驗室眾多、工作量大、工作種類多、樣本復雜、從業人員多、未知因素多、安全意識相對弱，是生物安全事故發生概率的一類實驗室。據統計，原因不十分明確的感染事件占所報道事件的80％以上。經手感染(還包括直接或間接污染其他部位導致的感染)和呼吸道感染可能是最主要的風險。

風險等級為Ⅱ級的病原，可對個體產生不同形式和不同程度的損害，甚至導致死亡。由于樣本復雜，可能包含未知病原或高風險等級的病原，有導致嚴重后果的潛在危險，包括在個體之間的傳播。比如，北京的實驗室SARS病毒感染事件就是發生在生物安全二級實驗室。

1、工藝設計上BSL-2實驗室宜實施一級屏障和二級屏障，有條件的應區分人流、物流，實驗人員應該經過基本的更衣、緩沖進入主實驗室。物品經過真空吹掃，通過傳遞窗進入主實驗室。

2、公用工程的設計上BSL-2實驗室可采用機械通風并達到一定的凈化級別（通常為萬級即可），如果采用機械通風，應滿足合理的壓差梯度，通常相鄰房間之間的壓差梯度應達到10Pa，主實驗室相對于大氣壓為負壓。