1.微生物室應設有無菌操作間和緩沖間，無菌操作間潔凈度應達到10000級，室內溫度保持在18-24℃，濕度保持在45-65%。超凈臺潔凈度應達到100級。
2.微生物室應保持清潔，嚴禁堆放雜物，以防污染。
3.嚴防一切滅菌器材和培養基污染，已污染者應停止使用。
4.微生物室應備有工作濃度的消毒液，如5%的甲酚溶液，75%的酒精，0.1%的新潔爾滅溶液，等等。
5.微生物室應定期用適宜的消毒液滅菌清潔，以保證微生物室的潔凈度符合要求。
6.需要帶入微生物室使用的儀器，器械，平皿等一切物品，均應包扎嚴密，并應經過適宜的方法滅菌。
7.工作人員進入微生物室前，必須用肥皂或消毒液洗手消毒，然后在緩沖間更換專用工作服，鞋，帽子，口罩和手套(或用75%的乙醇再次擦拭雙手)，方可進入微生物室進行操作。
8.微生物室使用前必須打開微生物室的紫外燈輻照滅菌30分鐘以上，并且同時打開超凈臺進行吹風。操作完畢，應及時清理微生物室，再用紫外燈輻照滅菌30分鐘。
9.供試品在檢查前，應保持外包裝完整，不得開啟，以防污染。檢查前，用75%的酒精棉球消毒外表面。
10.每次操作過程中，均應做陰性對照，以檢查無菌操作的可靠性。
11.吸取菌液時，必須用吸耳球吸取，切勿直接用口接觸吸管。
12.接種針每次使用前后，必須通過火焰灼燒滅菌，待冷卻后，方可接種培養物。
13.帶有菌液的吸管，試管，培養皿等器皿應浸泡在盛有5%來蘇爾溶液的消毒桶內消毒，24小時后取出沖洗。
14.凡帶有活菌的物品，必須經消毒后，才能在水龍頭下沖洗，嚴禁污染下水道。