無(wú)菌室外源性污染源，主要是通過(guò)門和無(wú)菌室內(nèi)外通道侵入的室外空氣。因此無(wú)菌室的布置通常都采用按照工藝操作的關(guān)鍵程度，潔凈度的高低由里往外逐級(jí)減弱，抵御室外污染空氣的侵入。同時(shí)為物料和人員進(jìn)出無(wú)菌室設(shè)置相應(yīng)的控制措施，例如物料的氣閘、人員的無(wú)菌更衣系統(tǒng)以及室內(nèi)廢棄物傳遞出來(lái)的通道等。無(wú)菌室內(nèi)的污染源，主要來(lái)自于無(wú)菌室內(nèi)必要的操作人員和部分工藝設(shè)備，通常無(wú)菌室內(nèi)操作人員的四周區(qū)域是潔凈度最差的區(qū)域，也是無(wú)菌技術(shù)中重要的控制內(nèi)容。

在無(wú)菌室的設(shè)計(jì)中，通過(guò)向室內(nèi)輸送定量的潔凈空氣，稀釋置換室內(nèi)已使用過(guò)的潔凈空氣，將臟空氣排出室外，使室內(nèi)的空氣潔凈度等級(jí)達(dá)到100000級(jí)、10000級(jí)或局部達(dá)到100級(jí)的空氣潔凈度要求，室內(nèi)已使用過(guò)的臟空氣由清潔的空氣取代，在空氣的稀釋置換設(shè)計(jì)中，臟空氣與清潔空氣持續(xù)地混合稀釋，逐漸減少房間中的微粒負(fù)荷。置換稀釋設(shè)計(jì)對(duì)潔凈區(qū)域的空氣凈化系統(tǒng)的設(shè)計(jì)有很高的要求，而且必須考慮無(wú)菌室的布局和操作方式，還要為關(guān)鍵區(qū)間提供合適的局部單向空氣流動(dòng)保護(hù)，需要注意與空氣凈化系統(tǒng)供應(yīng)的空氣一樣，滿布高效空氣過(guò)濾器的單向流動(dòng)罩產(chǎn)生的空氣流動(dòng)也可以置換稀釋房間中空氣傳播的微粒，這種空氣流動(dòng)會(huì)增加有效的房間空氣交換率，并有助于污染空氣置換稀釋。無(wú)菌室內(nèi)空氣置換稀釋污染系統(tǒng)設(shè)計(jì)時(shí)應(yīng)注意:潔凈空氣供應(yīng)的體積應(yīng)足以抵消空間中不斷產(chǎn)生的微粒數(shù)，以此維持工藝操作的基本條件要求;室內(nèi)空間供應(yīng)的空氣應(yīng)比普通維持條件下空氣更清潔;要求混合供應(yīng)的清潔空氣應(yīng)滿足去除房間內(nèi)含有微粒的空氣，以達(dá)到室內(nèi)空氣置換稀釋的作用。

無(wú)菌室內(nèi)天花板應(yīng)與風(fēng)管、管道、燈具、風(fēng)口等的安裝脫開(kāi)，光滑、無(wú)裂縫，易于清洗。無(wú)菌室的門窗材料應(yīng)選擇耐受性好、自然變形小、制造誤差小、容易控制縫隙、氣密性好的材料，采用雙層中空玻璃結(jié)構(gòu)的雙層窗，既節(jié)約空間、又節(jié)約能源，還可以避免玻璃窗結(jié)露引起霉變，造成污染;窗盡量采用大玻璃，這樣可減少積灰點(diǎn)，又有利于清潔工作。