氫氣發生器在使用過程中遇到的問題有兩個比較常見，一.可靠性難以保證，二.安全性存在問題。其可靠性難以保證具體表現在有部分發生器的純度不夠，氫氣中含水量高而且還帶有一定的腐蝕性，如果操作不當會有返液現象發生。
上述情況會造成色譜儀不容易穩定及色譜柱柱效降低等現象，嚴重時可使氣路及色譜柱報廢，甚至導致色譜儀全部報廢。其次，使用過程中安全性存在問題，有部分氣體發生器壓縮機在使用過程中會產生過熱、氣路進油、漏電等現象。不僅對色譜儀造成損害，嚴重時會危及操作人員生命安全。
因為色譜儀使用高純氮或高純氫做載氣，為了應對上述問題，我們從氫氣發生器、氮氣發生器和空氣壓縮機安全可靠性三方面總結幾點經驗供大家參考。空氣作為輔助氣，其純度要求不高，經過脫水除油后基本上能滿足色譜儀分析要求。
首先，氫氣發生器主要由電解系統、壓力控制系統、凈化系統和顯示系統組成。
電解采用目前膜分離技術，由紅外光電反饋裝置與開關電源組成的壓力控制系統，使氫氣的發生量根據輸出的需要自動調整，維持輸出流量和壓力的穩定。
采用這種原理產生的氫氣存在的主要的問題有：
1.加KOH水溶液的氫發生器所產生的氫氣中含水量高且帶有一定腐蝕性，容易造成色譜儀調試不穩定，一旦長時間使用該氫氣做載氣必然造成色譜柱柱效降低。
2.利用該原理產生的氫氣如果長時間使用，會造成嚴重的返液現象。為了防止返液，廠家設計了各種裝置來嘗試解決這個問題。畢竟它還是要加液的，一旦防返液的裝置出現故障就會造成氣路及色譜柱報廢，嚴重的甚至可能導致氣相色譜儀全部報廢。
3.氣體的純度大多沒有經過檢測，雖然可以通過基線和柱子使用壽命判斷其純度，結果卻是給色譜柱造成不必要的損失。所以，氫氣作為輔助氣還行，做載氣純度不夠。在選擇氫氣發生器時優先考慮質量有保證的廠家。
