目前幾乎所有的高壓滅菌器都要求工作時使用蒸餾水或純水，因為蒸餾水具有純凈、無雜質、無離子，不會產生水垢等特性。如果高壓滅菌器不使用蒸餾水，會對機器造成損傷。如細管路堵塞，干燥后在手機表面形成水垢、水斑，并沉積在高壓滅菌器內的蒸汽傳感器，溫度傳感器表面上，使傳感器工作失常，影響高壓滅菌器的正常使用，所以使用純凈的蒸餾水很重要。按照國際標準，高壓滅菌器使用的純凈水的電導率不要超過15us/cm，但目前許多醫院都是自己生產或外購蒸餾水，如生產過程控制不好，會使其中的水質有高有低，另外一個原因是部分高壓滅菌器內部循環使用蒸餾水，這會造成水質持續下降.大約三年左右的時間，機器產生故障的概率很高。
檢測蒸餾水的水質非常重要，目前有些全自動預真空壓力蒸汽滅菌器具有自動實時檢測蒸餾水質的功能，電導率達到40us/cm設置報警，電導率達到65us/cm設置自動停機，有效防止高壓滅菌器故障，還可連接專用的去離子水裝置，實現連續供應合格的純凈去離子水，避免經常添加蒸餾水的麻煩。
