隨著技術發展，X射線熒光分析儀的種類越來越多，商品名稱也比較混亂，再加上用戶對相關知識的了解有限，使得用戶合理選擇儀器的難度大大增加。
誤區1：強調“熒光”，許多用戶誤認為只有用X光管作為激發源的管激發儀器才是X熒光儀，一味地強調所謂“熒光”。事實上，如前所述，無論是采用X光管還是采用放射性同位素源作為激發源，只要是由X射線激發、通過測定被測樣品發出的熒光X射線得出其化學成分及含量的儀器，都是X熒光分析儀。
源激發和管激發各有優缺點。源激發類型的儀器結構簡單、緊湊，特別是放射性同位素源發出X射線是自然現象，其強度是非常穩定的。雖然有著自然衰減，但這種衰減是遵循可描述的物理規律的，也就是說是我們可以準確計算出來的，而且作為商品化儀器選用的同位素源半衰期都比較長，在短周期內這種衰減幾乎反映不出來。放射源的最大弱點在于，它發出的X射線強度小，能量分布不可調。因此可分析元素種類是受限制的，光路的幾何布置必須非常緊湊，分析時間相對要長一些，譜線處理和定量分析計算難度較大。
管激發型儀器的激發源是X射線管。與放射性同位素源相比，最大的優點在于其可調節性。通過調節管流和高壓，可以在一定范圍內改變輸出X射線的強度和分布，進而有選擇性地提高或減小對某些特定元素的激發效率，提高分析能力。再者，X射線管的輸出強度遠遠高于放射性同位素源，光路的幾何布置受限制小，可使用準直器、濾光片、狹縫等進一步提高性能。采用X光管的最大問題在于穩定性，給X光管提供高壓的高壓電源穩定性必須在萬分之三以下，X光管本身還需要冷卻，而且環境溫度、電網波動等因素都會影響X光管輸出X射線的穩定性，從而影響儀器的穩定性。因此，一般來講，管激發儀器對使用環境及外圍條件的要求要比源激發儀器高得多。
誤區2：重硬件輕軟件和技術。任何一種分析儀器在某一領域的成功應用都是硬件、軟件和分析技術有機結合的結果，三者缺一不可。毫無疑問，硬件是基礎，但硬件并不能決定一切。從應用的角度來講，硬件只有通過軟件才能充分發揮作用，而分析技術涉及到儀器應用的每一個環節。一臺好儀器，一定是建立在分析技術研究基礎之上的，否則，它就很難適應眾多用戶的各種需求，這樣的儀器等于沒有靈魂。對于軟件的考察，絕不能停留在畫面的漂亮與否、花樣是否齊全等表面文章上，關鍵要看采用的算法是否先進有效，建立在怎樣的分析技術基礎上，是否適應于主要被分析樣品的特性，還要考慮是否適合操作人員的素質和能力。
誤區3：重價格輕服務。價格當然是選購商品的重要因素，但不應當是決定性因素。分析儀器各部件質量及其價格懸殊極大，并且直接決定了儀器的售價，單純追求價格便宜，很難保證質量。對于X熒光分析儀這樣的設備來說，服務往往更為重要。這里所說的服務不僅指安裝調試、備品備件供應、維修服務等，更重要的是應用技術服務。對于大多數用戶來講，是不具備自行研究分析技術并用于指導應用的，這種情況下，技術服務顯得尤為重要。
誤區4：聽別人多，看自己少。用戶在設備選型時經常會開展一些調研考察，一方面了解一些各種儀器及廠家的基本情況，作一些相互比較；另一方面會去一些與自己情況類似的用戶那里考察。這當然是必要的。但最重要的還是要根據自己的實際情況和具體需求來選擇。比如：以全廠質量控制為主要目的，樣品種類多，需要做全分析，準確度要求高，應用環境比較好，可以考慮X熒光光譜儀；以生產過程控制為主要目的，應用環境較差則可考慮多元素分析儀、鈣鐵儀等源激發類儀器；原料不太好、波動大，沒有預均化措施或很簡陋，分析儀器要配置高一些，最好考慮在線分析儀器，在線鈣鐵儀加多元素分析儀或小型多道X熒光光譜儀便是很好的組合，當然，有條件的可以上中子活化在線分析儀，而原料穩定、預均化很有效，分析儀器的配置則可以低一些，多元素分析儀甚至離線鈣鐵儀便可以解決問題；操作人員素質較高，儀器可以選擇小型多道X熒光光譜儀等功能多樣、靈活性較大的，反之則應考慮選擇功能單一、操作簡單的源激發類儀器。
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