無菌灌裝間屬于生物凈化工程的一種，是空氣懸浮粒子濃度受控的車間，它的建造和使用應減少室內誘入、產生及滯留粒子；室內其他有關參數如溫度、濕度、壓力等要求進行控制。
無菌灌裝間是在一定空間范圍內，將空氣中的微粒子、有害空氣、細菌等污染物排除，并將室內溫度、潔凈度、壓力、氣流速度與氣流分布、噪音振動及照明、靜電控制在某一需求范圍內的工程學科。凈化工程所特別設計的房間，不論外在空氣條件如何變化，室內均具有維持原先所設定要求之潔凈度、溫濕度及壓力等性能。
進口處設置洗手池、給皂器，操作人員洗手、換鞋、洗腳后進入緩沖間，然后通過風淋室進入千級凈化操作間。從取風口吸取的新風經加除濕系統、初效過濾、中效過濾，并經管道式空調制冷，臭氧殺菌后達到除濕降溫殺菌；然后經高效送風口送達凈化間，保證灌裝區間的空氣潔凈度。無菌間及緩沖間的地面設環氧自流平地坪。(空間消毒采用紫外線消毒和臭氧消毒相結合的方式)。
一般無菌室要求的潔凈度為萬級，標準的微生物檢測實驗室都會專門開辟5~8個平方出來建造無菌室，無菌灌裝間只要夠放置實驗室樣品及必需的設備即可，面積無需過大而造成浪費，面積過大對于做無菌室空氣凈化工程來說不僅僅是提高建造成本而已，日后的運行及維護費用也會高的令人驚訝。一般微生物檢測按照實驗室行業要求都需要在無菌室中進行，很多食品菌、微生物等都是在*凈工作臺中完成檢測和化驗的。
隨著社會科技發展，國家越來越重視食品安全問題，無菌室空氣凈化工程也在不斷的普及。有了無菌室凈化工程，將潔凈工作臺放置于無菌室內操作，讓實驗環境更加潔凈，實驗樣品不易于被污染。
