多肽熒光標記結合成像技術后可用于識別特定靶點。共聚焦或熒光顯微鏡的體外成像仍然是研究細胞內各種生物過程和相互作用十分有效的方法之一。與蛋白質不同，這些肽定位于肌動蛋白上的特定靶點，不易聚集蛋白質，因此非常適合于體外跟蹤。同樣，FITC標記的CPP也可被用于細胞內組分的成像，且其細胞毒性低。
其中，FITC是一種胺活性的熒光染料，可廣泛的用于標記多肽和蛋白質。合生生物在N端標記Fitc，都會建議在后面一個氨基和由異硫氰酸酯與氨基反應產生的硫脲鍵之間引入烷基間隔器（alkyl spacer）如AJYS（Ahx）。鏈接切割需要酸性環境，在N端標記FITC的多肽需經歷環化作用來形成熒光素，通常會伴有后面一個氨基酸的去除，但當有一個間隔器如AJYS，或者是通過非酸性環境將目的肽從樹脂上切下來時，這種情況可避免?？臻g位阻被認為是在熒光染料前使用Ahx的主要原因，而不是為什么FITC不能直接偶聯在多肽上的原因。