醫院的污水，除一般生活污水外，還含有化學物質、放射性廢水和病原體。因此，必須經過處理后才能排放，特別是肝炎等傳染病病房排出來的污水，須經消毒后才可排放。
無集中式污水處理設備的醫院，對有傳染性的糞便，必須單獨消毒使其無害化。常用消毒劑有二氧化氯、漂白粉、液氯、次氯酸鈉、臭氧。
對含放射性同位素的污水，應按同位素處理要求處理。醫院污水在處理過程中，沉淀的污泥含有大量的細菌、病毒和寄生蟲卵，須經消毒(常用熟石灰消毒)或高溫堆肥后方可用作肥料。
醫院各部門的功能、設施和人員組成情況不同，產生污水的主要部門和設施有:診療室、化驗室、病房、洗衣房、X光照像洗印、動物房、同位素治療診斷、手術室等排水。
醫院行政管理和醫務人員排放的生活污水，食堂、單身宿舍、家屬宿舍排水。不同部門科室產生的污水成分和水量各不相同，如重金屬廢水、含油廢水、洗印廢水、放射性廢水等。而且不同性質醫院產生的污水也有很大不同。醫院污水較一般生活污水排放情況復雜。
醫院污水來源及成分復雜，含病原性微生物、有毒、有害的物理化學污染物和放射性污染等，具有空間污染、急性傳染和潛伏性傳染等特征，不經有效處理會成為一條疫病擴散的重要途徑和嚴重污染環境。
小型醫療機構污水處理設備的水處理原則
1.全過程控制原則。對醫院污水產生、處理、排放的全過程進行控制。
2.減量化原則。嚴格醫院內部衛生安全管理體系，在污水和污物發生源處進行嚴格控制和分離，醫院內生活污水與病區污水分別收集，即源頭控制、清污分流。
嚴禁將醫院的污水和污物隨意棄置排入下水道
3.就地處理原則。為防止醫院污水輸送過程中的污染與危害，在醫院必須就地處理。
4.分類指導原則。根據醫院性質、規模、污水排放去向和地區差異對醫院污水處理進行分類指導。
5.達標與風險控制相結合原則。全面考慮綜合性醫院和傳染病醫院污水達標排放的基本要求，同時加強風險控制意識，從工藝技術、工程建設和監督管理等方面提高應對突發性事件的能力。
6.生態安全原則。有效去除污水中有毒有害物質，減少處理過程中消毒副產物產生和控制出水中過高余氯，保護生態環境安全。
