目前，自然水體的富營養化日益嚴重，水體富營養化一般采用的指標是：氮含量超過0.2~0.3mg/L，磷含量大于0.01~0.02mg/L，BOD大于10mg/L，pH值7~9的淡水中細菌總數超過10萬個/mL，葉綠素a含量大于10ug/L。
水體的富營養化會導致水體中的藻類物質大量繁殖，而藻類物質中均含有葉綠素a，且含量較為穩定，易于人工測定。所以，葉綠素a是估算浮游植物生物量的重要指標，可以通過測定水中浮游植物葉綠素a的含量，掌握水體的初級生產力情況和富營養化水平。
在環境監測中，葉綠素a含量是評價水體富營養化的指標之一，控制富營養化和藻類生物量，揭示富營養化的內在實質。葉綠素a的含量越多，說明水體富營養化越嚴重。其中，當葉綠素a的含量大于10ug/L則說明水體已富營養化。
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