由于藥材種類繁多，各類藥材樣品基本組成復雜，預測定的各種農藥組成不同，且存在農藥的同系物、異構體、降解產物、代謝產物等的影響。藥材在生產、運輸、加工過程中接觸到的重金屬等其它化學污染物也可能在藥材組織中蓄積，從而增加了藥材中農藥殘留分析的難度。
農藥殘留測定前要有適合于中藥材的 預處理方法，將藥材轉化為可供上機測定的樣液，一般包括萃取、凈化、濃縮等預處理步驟。根據所測農藥種類的不同，需要對藥材樣品采用不同的前處理技術。
中藥材農藥殘留檢測通過檢測，有效推進基原、產地、種植過程、采收和產地加工、包裝貯藏等過程生產的科學化和規范化發展，逐步建立中藥材、中藥飲片、中成藥生產流通使用等全過程質量控制，逐步實現中藥重點品種來源可查、去向可追、責任可究，促進產業規范化、標準化、規模化發展。
中藥材農藥殘留檢測中藥材的污染大體可以分為：農殘超標，環境間接污染，采收加工貯存運輸過程中造成的污染，其中若存在應用禁用農藥的現象，則農殘超標對其它類型的農藥污染危害程度更高。
項目：
1.基本指標：雜質，水分、干燥、失重、熾灼殘渣、灰分,浸出物、鞣質、揮發油、性狀等；
2.農藥殘留檢測：六氯苯、六六六、七氯、五氯硝基苯、氧化氯丹、順式環氧七氯、等33項農殘檢測；
3.成分含量：含量測定、鑒別；
4.性狀檢測：外觀性狀、中藥材性狀等;
5.鑒別檢測：薄層色譜鑒別、紙層色譜鑒別、氣相色譜鑒別、液相色譜鑒別、紅外光譜鑒別、中藥材顯微鑒別、中成藥顯微鑒別
6.微生物檢測： 細菌、霉菌、酵母菌、大腸桿菌、沙門氏菌、銅綠假單胞菌、細菌內毒素、無菌度檢查、初始污染菌等
7.重金屬檢測：鉛、鉻、汞、砷、銅等
8.真菌毒素檢測：黃曲霉毒素等；
9.毒理學等其他指標：異常毒性，熱原檢查，溶血與凝聚檢查，過敏反應，支原體檢查，異常毒性，熱源，過敏試驗，溶血試驗等；
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